[发明专利]一种黑龙江茴鱼群体特异性分子标记引物、试剂盒及鉴定方法

说明书

本发明公开了一种黑龙江茴鱼群体特异性分子标记引物、试剂盒及鉴定方法，引物为ThtC1010、ThtC1029、ThtC1034；其中，ThtC1010引物序列如SEQ ID NO.1‑2所示，ThtC1029引物序列如SEQ ID NO.3‑4所示，ThtC1034引物序列如SEQ ID NO.5‑6所示。本发明是国内外首次基于分子生物学技术原理建立的区分黑龙江茴鱼群体的新方法，是在黑龙江茴鱼EST数据的基础上，成功开发了EST‑SSR标记，并用部分标记对黑龙江茴鱼的群体的遗传背景进行分析，找到了能够区分3个群体的特异性标记，其中THC1010位点和THC1029位点能够准确区分根河群体与其他两个群体，THC1034位点能将三个群体区分开，具有准确性高，技术重现性好，性价比高的优势。

技术领域

本发明涉及一种黑龙江茴鱼群体特异性分子标记引物、试剂盒及鉴定方法，属于分子生物学技术领域。

背景技术

黑龙江茴鱼Thymallus arcticus grubei(Dybowski)属鲑形目(Salmoniformes)、茴鱼科(Thymallidae)、茴鱼属(Thymallus)，俗称：斑鳟子、红鳞鱼，分布于欧亚大陆，在我国自然分布于黑龙江流域的支流中，肉质细嫩、味道鲜美为黑龙江水系特有的名贵冷水性鱼类。该鱼对环境条件要求苛刻，在自然状态下很难形成大规模群体，更不能形成一定的捕捞量。同时由于环境条件的变化，栖息地渔民在洄游期进行捕捞及兴修水库和水利设施，改变了黑龙江茴鱼的产卵、摄食、越冬环境，对其繁殖和生存造成了极大影响，导致野生资源枯竭。目前黑龙江茴鱼人工繁殖已经取得成功，人工增殖放流正在逐步开展。鱼类种群划分对于鱼类种质资源保护及管理意义重大，只有深入了解黑龙江茴鱼种群的遗传背景及资源状况，弄清群体来源，才能更好地保护黑龙江茴鱼，做好黑龙江茴鱼育种和资源修复工作。

分子标记在种质资源多样性研究中有着广泛的应用。DNA水平的多态性主要表现在核苷酸序列的差异，对于任何类型的核苷酸序列的差异都可以用分子标记技术对其进行检测。其中简单重复序列(Simple Sequence Repeats，SSR)也称为微卫星DNA，一般是由1～6个核苷酸为重复单位的串联重复DNA序列，具有数量多，揭示多态性高，呈共显性遗传等特点已经被广泛应用在基因定位、指纹图谱构建、遗传图谱构建及种质资源鉴定等研究。本发明通过高通量测序获得黑龙江茴鱼的表达序列标签(Express sequence tag，EST)库，挖掘黑龙江茴鱼的EST-SSR标记，分析不同群体黑龙江茴鱼的遗传背景，找到不同群体特有的EST-SSR标记，为进一步分析、种质鉴定和分子标记辅助选择育种等方面提供基础资料。

发明内容

针对缺少黑龙江茴鱼群体的鉴别方法，本发明的目的是提供一种黑龙江茴鱼群体特异性分子标记引物、试剂盒及鉴定方法，能够准确区分不同流域的黑龙江茴鱼群体。

为了实现上述目的，本发明所采用的技术方案是：

一种黑龙江茴鱼群体特异性分子标记引物，引物为ThtC1010、ThtC1029、ThtC1034；其中，ThtC1010的上游引物序列如SEQ ID NO.1所示，下游引物序列如SEQ IDNO.2所示，ThtC1029的上游引物序列如SEQ ID NO.3所示，下游引物序列如SEQ ID NO.4所示，ThtC1034的上游引物序列如SEQ ID NO.5所示，下游引物序列如SEQ ID NO.6所示。

一种黑龙江茴鱼群体鉴定的试剂盒，包括引物ThtC1010、ThtC1029、ThtC1034。

上述试剂盒，还包括2×Taq PCR Mix和超纯水。

一种用于黑龙江茴鱼群体的鉴定方法，包括以下步骤：

(1)样本采集：采集黑龙江不同流域的茴鱼样本；

(2)基因组DNA提取：采用酚氯仿法提取茴鱼样本DNA；