[发明专利]六倍体I.trifida基因组特异SNP分子标记引物及应用

说明书

本发明公开了一种六倍体I.trifida基因组特异SNP分子标记引物及应用，引物有四对，分别为命名为SHS6tr‑6‑1、SHS6tr‑6‑2、SHS6tr‑6‑3和SHS6tr‑6‑4。本发明提供的六倍体I.trifida基因组特异SNP分子标记引物，可有效区分甘薯近缘野生种六倍体I.trifida的遗传物质。本发明提供的分子标记可用于在分子标记辅助选择育种过程中，简单、快速、高效地检测六倍体I.trifida的遗传物质，有利于加快六倍体I.trifida优良性状向受体甘薯材料的转移与利用，加速育种进程，促进六倍体I.trifida在甘薯遗传育种中的利用。

技术领域

本发明属于基因工程领域，具体涉及一种六倍体I.trifida基因组特异SNP分子标记引物及应用。

背景技术

单核苷酸多态性是由单碱基插入或缺失等引起的序列变异。与RAPD、SSR、AFLP等其它基因组多态性分子标记相比，具有分布密度高、遗传稳定、与表型性状相关性强等诸多优点，被称为第三代分子标记。目前单核苷酸多态性标记的检测主要依靠测序、芯片扫描、质谱检测等方法，操作复杂，成本昂贵，仪器设备要求高。相比之下，利用高分辨率熔解曲线分析技术通过监测产物的熔解曲线变化的差异，区分不同的SNP基因型，只需一对普通PCR引物就可以对SNP位点进行分型，具有灵敏度高、特异性强、适应性广、操作简便等优势，被广泛应用到各个领域的研究中。

我国培育的甘薯品种大多数是通过品种间杂交育成的。长期的品种间杂交导致遗传背景狭窄、杂交优势减退。研究表明，甘薯近缘野生种I.trifida极有可能是甘薯祖先种，具有抗病、抗逆等优良基因，用它作为甘薯育种材料被认为是今后甘薯杂交育种的重要方向。I.trifida包含二、四、六三种倍型。目前，只有六倍体I.trifida在甘薯育种中得到了成功应用。日本在上世纪70年代利用六倍体I.trifida育成了高淀粉种间杂交种品种“南丰”。我国研究者也先后育成了含有1/8六倍体I.trifida血缘的甘薯品种品苏渝303和渝苏297。

甘薯研究上使用的以RFLP为代表的分子杂交为核心的标记技术，是利用限制性内切酶对基因组DNA进行酶切，电泳分离酶切片段，然后用特异性探针进行Southern杂交，通过放射性自显影或者非同位素显色技术来显示DNA的多态性。该技术在检测SNP多态性上应用极少；操作费时、费力、费物，目前研究中使用较少。

在甘薯研究上，使用的以PCR技术为基础的标记技术主要包括RAPD，AFLP，SSR等分子标记。此类标记根据扩增的基因组区域设计约25bp的引物，以基因组DNA为模板，进行扩增。最后通过凝胶电泳技术进行分离，分析扩增片段的长度多态性，从而产生分子标记。该技术无法检测SNP位点的多态性，而且PCR产物电泳检测过程繁琐、耗时、分辨率有限，仅能应用于PCR扩增产物的长度多态性检测。

在甘薯研究上，已经使用的以测序技术为基础主要技术包括RAD、SLAF等技术。这些技术主要通过对不同甘薯材料基因组进行测序，然后进行序列间比对，寻找单核苷酸差异。该技术不适用于个别SNP位点多态性的检测，实验成本高、操作复杂、数据分析要求高。

根据我们文献检索结果显示，目前研究中，还没有可用于区分六倍体I.trifida基因组的特异分子标记。

发明内容

本发明所要解决的技术问题为：针对现有分子标记操作复杂、实验成本高等问题，开发了鉴别六倍体I.trifida基因组特异SNP分子标记引物及应用。