[发明专利]一种鉴定中药材骨碎补的SCAR分子标记及其应用有效
申请号: | 201910488480.3 | 申请日: | 2019-06-05 |
公开(公告)号: | CN110093447B | 公开(公告)日: | 2022-09-13 |
发明(设计)人: | 沈宗芳;田波 | 申请(专利权)人: | 中国科学院西双版纳热带植物园 |
主分类号: | C12Q1/6895 | 分类号: | C12Q1/6895;C12Q1/6858;C12N15/11 |
代理公司: | 昆明科众知识产权代理事务所(普通合伙) 53218 | 代理人: | 方金敏 |
地址: | 666300 云南省西双版纳*** | 国省代码: | 云南;53 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 一种 鉴定 中药材 骨碎补 scar 分子 标记 及其 应用 | ||
1.一种高效鉴定中药材骨碎补的SCAR分子标记,其特征在于:该分子标记为trnS-psb30,其序列如SEQ ID No.1所示,或ndhB-trnR,其序列如SEQ ID No.2所示,或rbcL-accD,其序列如SEQ ID No.3所示,鉴定的范围包括中药材骨碎补槲蕨(
2.如权利要求1所述的高效鉴定中药材骨碎补的SCAR分子标记的构建方法,包括以下步骤:
1)对包含中药材骨碎补在内的7个物种的DNA提取后进行DNA文库构建,
2)通过二代测序获得原始reads,经组装、拼接得到21个叶绿体全基因组,对叶绿体基因进行注释后,对骨碎补和6个混伪品的叶绿体基因组进行比对,分析高变异的DNA片段,进一步比对高变异的DNA序列,筛选出3个片段作为SCAR分子标记,
3)针对筛选出的片段设计特征性扩增引物,用相对应的引物进行PCR鉴定,结果成功构建出能准确鉴定骨碎补的三个SCAR分子标记,它们分别是trnS-psb30,ndhB-trnR和rbcL-accD; 所述的特征性扩增引物如下:第一引物序列为:
正向引物S30F: TCCGACGCTTTAAACCCCT
反向引物S30R: TTGCGCAATTGTTTCTAAATTCATT;
或第二引物序列:
正向引物BRF: ATCCCATCCTTCCTTTGT
反向引物BRR: TTAGGAATATCTAACCAGAAC;
或者第三引物序列为:
正向引物LDF: GAGTATCGGTAAGGAGTTCACC
反向引物LDR: GTCTTGCTGCTCTCTATCTTTCTTC,
其中所述第一引物对为在SEQ ID No.1所示的分子标记trnS-psb30上设计的SCAR标记引物,其序列如SEQ ID No.4和SEQ ID No.5所示;所述第二引物为在SEQ ID No.2所示的分子标记ndhB-trnR上设计的SCAR标记引物,其序列如SEQ ID No.6和SEQ ID No.7所示;所述第三引物对为在SEQ ID No.3所示的分子标记rbcL-accD上设计的SCAR标记引物,其序列如SEQ ID No.8和SEQ ID No.9所示。
3.如权利要求2所述的高效鉴定中药材骨碎补的SCAR分子标记的应用,其特征在于,包括以下步骤:
1) 待检测样品槲蕨和其他常混用做骨碎补蕨类的根茎DNA提取,并对所得DNA进行电泳检测样本DNA的完整性;
2)用步骤1中得到的样品DNA为模板,构建专用PCR反应体系,利用权利要求2所述的三对引物其中之一进行PCR扩增;
3)利用琼脂糖凝胶电泳对步骤2得到的PCR扩增产物进行检测,由所述第一引物对扩增得到的第一PCR产物的长度在骨碎补中的为388bp, 混伪品中的长度为596-623bp;由所述第二引物对扩增得到的第二PCR产物的长度在骨碎补中的为104bp,在混伪品中没有扩增产物;由所述第三引物对扩增得到的第三PCR产物的长度在骨碎补中的为1733bp,在混伪品中没有扩增产物。
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