[发明专利]用于胃癌预后预测的评估基因群的确定方法

权利要求书

1.一种用于胃癌预后预测的评估基因群的确定方法，其特征在于：

基于调控RhoA蛋白活性的RhoA蛋白活性调控通路中包括的基因筛选得到含有多个基因的所述评估基因群，

具体包括以下步骤：

步骤1，将RhoA基因调控通路中包括的所述基因作为备选目标基因集合；

步骤2，基于用于筛选的每个胃癌样本的所述备选目标基因集合中各个基因的表达数据以及RhoA基因的表达数据，按预定确定规则确定待定评估基因群；

步骤3，基于包括多个胃癌验证样本的胃癌验证样本群根据预定限定方法确定各个所述胃癌验证样本得到的胃癌预后为良好的所有预后良好样本和所有胃癌预后为不好的预后不好样本的cox生存分析，确定所述待定评估基因群是否为能够用于所述胃癌预后的评估的所述评估基因群，

其中，步骤2中，所述预定确定规则为：

基于所有所述胃癌样本的RhoA基因的表达数据确定RhoA基因表达量的中位值；

基于所述中位值，将所有所述胃癌样本确定为RhoA的高表达组和RhoA的低表达组；

基于各个所述胃癌样本的所述备选目标基因集合中各个基因的的表达数据，分别将备选目标基因集合中的每个基因通过所述高表达组中的各个所述胃癌样本得到的该基因的表达数据集合，与该基因通过所述低表达组中的各个所述胃癌样本得到的该基因的表达数据集合做表达差异显著性分析；

将备选目标基因集合中表达差异显著性分析结果为显著的所有所述基因加上RhoA基因确定为所述待定评估基因群。

2.根据权利要求1所述的确定方法，其特征在于：

其中，当显著性概率值p<0.05时，表示表达差异显著性分析结果为显著。

3.根据权利要求1所述的确定方法，其特征在于：

其中，步骤3中，所述预定限定方法为：当一个所述胃癌验证样本的所述待评估基因群中至少一个基因的突变满足预定突变条件时，将相应的所述胃癌验证样本确定所述预后良好样本，当一个所述胃癌验证样本的所述待评估基因群中不存在任何一个基因的突变满足预定突变条件时，将相应的所述胃癌验证样本确定所述预后不好样本；

当所有所述预后良好样本做cox生存分析得到的结果与所有的预后不好样本做cox生存分析得到的结果之间做生存差异显著性分析得到的结果为显著时，确定所述待定评估基因群为能够用于所述胃癌预后的评估的所述评估基因群。

4.根据权利要求3所述的确定方法，其特征在于：

其中，当显著性概率值p<0.05时，表示生存差异显著性分析得到的结果为显著。

5.根据权利要求3所述的确定方法，其特征在于：

其中，所述预定突变条件为，发生突变的所述基因同时满足：该所述基因存在单核苷酸突变或插入缺失突变，且该单核苷酸突变或插入缺失突变是功能缺失性突变，且该单核苷酸突变或插入缺失突变的覆盖度大于等于预定覆盖度，且支持该单核苷酸突变或插入缺失突变的读段大于等于预定条数，且链特异性程度小于等于预定百分数，且该单核苷酸突变或插入缺失突变的位点距离该基因存在的任意一个重复序列区域的距离大于预定距离，且对该基因进行功能注释得到的结果为蛋白编码区域的突变。

6.根据权利要求5所述的确定方法，其特征在于：

其中，所述预定覆盖度为30x。

7.根据权利要求5所述的确定方法，其特征在于：

其中，所述预定条数为3条。

8.根据权利要求5所述的确定方法，其特征在于：

其中，所述预定百分数为95％。

9.根据权利要求5所述的确定方法，其特征在于：

其中，所述预定距离为5bp。

10.根据权利要求1-9任意一项所述的确定方法，其特征在于：

其中，所述评估基因群包括以下基因：RHOA、ARAP3、ARHGAP4、ARHGAP6、ARHGDIA、ARHGEF10、ARHGEF17、ARHGEF25、ARHGEF3、CDC42、DEF6、DLC1、DYNLL1、ECT2、FARP1、LRP2、MCF2L、MTG1、NET1、OBSCN、PAK1、PKN1、PRPF38B、SLC6A2、SRGAP1、TRIO以及TSPAN1。