[发明专利]用于胃癌预后预测的评估基因群的确定方法

说明书

本发明提供了一种用于胃癌预后预测的评估基因群的确定方法，其特征在于：基于调控RhoA蛋白活性的RhoA蛋白活性调控通路中包括的基因筛选得到含有多个基因的评估基因群，具体包括以下步骤：步骤1，将RhoA基因调控通路中包括的基因作为备选目标基因集合；步骤2，基于用于筛选的每个胃癌样本的备选目标基因集合中各个基因的表达数据以及RhoA基因的表达数据，按预定确定规则确定待定评估基因群；步骤3，基于包括多个胃癌验证样本的胃癌验证样本群根据预定限定方法确定各个胃癌验证样本得到的胃癌预后为良好的所有预后良好样本和所有胃癌预后为不好的预后不好样本的cox生存分析，确定待定评估基因群是否为能够用于胃癌预后的评估的评估基因群。

技术领域

本发明属于生物领域，具体涉及一种用于胃癌预后预测的评估基因群的确定方法。

背景技术

胃癌预后预测对于评估指导临床治疗方案的设定和新的治疗靶点研究具有重要意义。

在胃癌中，通过全外显子基因组的突变分析发现了RhoA基因在胃癌人群中的突变比率较高，尤其在弥散性亚型的胃癌中存在突变的富集。但是通过生存分析分析RhoA突变的预后，单独用RhoA这个基因的突变建立预后进行生存分析，发现并没有显著的关系。所以只能用RhoA基因关联胃癌的预后，不能满足胃癌预后预测的需求，需要寻找新的与胃癌预后相关性高的预测指标。

另外，对胃癌中的基因和预后的关系，当前的技术方案主要有两类：第一类是以单个基因的突变关联预后的结果，然而，这种指标由于受到人群中突变频率的限制，比如RhoA基因的突变频率在6.3％，所收集的样本大小会限制生存分析结果的稳健性；第二类是以某些基因组合的突变情况来关联预后，多基因的组合而来的分子标记能够达到较高的突变频率。但是通常选取的基因是在肿瘤中发现具有较高突变频率的基因集合综合而来，缺乏基因之间可靠的生物学机理证据，难以可靠的应用到临床实践中。

发明内容

本发明提供一种用于胃癌预后的评估基因群的确定方法。

为了实现上述目的，本发明采用了如下技术方案：

本发明的目的是提供一种用于胃癌预后预测的评估基因群的确定方法，其特征在于：基于调控RhoA蛋白活性的RhoA蛋白活性调控通路中包括的基因筛选得到含有多个基因的评估基因群，具体包括以下步骤：步骤1，将RhoA基因调控通路中包括的基因作为备选目标基因集合；步骤2，基于用于筛选的每个胃癌样本的各个备选目标基因集合中各个基因的表达数据以及RhoA基因的表达数据，按预定确定规则确定待定评估基因群；步骤3，基于包括多个胃癌验证样本的胃癌验证样本群根据预定限定方法确定各个胃癌验证样本得到的胃癌预后为良好的所有预后良好样本和所有胃癌预后为不好的预后不好样本的cox生存分析，确定待定评估基因群是否为能够用于胃癌预后的评估的评估基因群。

本发明提供的确定方法，还具有这样的特征：其中，步骤2中，预定确定规则为：基于所有所述胃癌样本的RhoA基因的表达数据确定RhoA基因表达量的中位值；基于所述中位值，将所有所述胃癌样本确定为RhoA的高表达组和RhoA的低表达组；基于各个所述胃癌样本的所述备选目标基因集合中各个基因的的表达数据，分别将备选目标基因集合中的每个基因通过所述高表达组中的各个所述胃癌样本得到的该基因的表达数据集合，与该基因通过所述低表达组中的各个所述胃癌样本得到的该基因的表达数据集合做表达差异显著性分析；将备选目标基因集合中表达差异显著性分析结果为显著的所有所述基因加上RhoA基因确定为所述待定评估基因群。

本发明提供的确定方法，还具有这样的特征：其中，当显著性概率值p<0.05时，表示表达差异显著性分析结果为显著。