[发明专利]一种特异性检测非洲猪瘟病毒的LAMP方法及其引物组合在审
申请号: | 201910592331.1 | 申请日: | 2019-07-03 |
公开(公告)号: | CN110317904A | 公开(公告)日: | 2019-10-11 |
发明(设计)人: | 曹胜波;曹晨;黄少梅;叶静;刘学芹 | 申请(专利权)人: | 华中农业大学 |
主分类号: | C12Q1/70 | 分类号: | C12Q1/70;C12Q1/6844;C12N15/11 |
代理公司: | 武汉宇晨专利事务所 42001 | 代理人: | 张红兵 |
地址: | 430070 湖*** | 国省代码: | 湖北;42 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 非洲猪瘟病毒 引物组合 种特异性 荧光定量PCR仪 筛选 基因组序列 特异性基因 特异性片段 特异性区域 特异性引物 靶DNA片段 动物病毒 检测领域 结果判定 特异性强 荧光染料 在线软件 模版DNA 灵敏度 灵敏性 检测 扩增 灵敏 网页 病毒 分析 | ||
1.一种高灵敏、特异性地检测非洲猪瘟病毒的LAMP方法,其特征在于,包括如下步骤:
(1)利用NCBI中BLAST软件对GeneBank中ASFV的全基因组进行分析,找出GenBank登录号MH722357.1的特异性保守基因B646L,并确定基因序列的准确性;
(2)根据步骤(1)确定的序列,针对特异性保守区基因B646L,利用LAMPprimerexplorer设计如下所述的特异性引物,这些引物分别针对特异性保守区的6个区域,每组引物包括一对F3/B3内引物,一对FIP/BIP外引物和一对LF/LB环引物;对多组特异性引物进行筛选,最后确定出特异性最强、灵敏度最高的引物进行扩增;
所述的LAMP引物的序列如下所述:
外引物:F3:ATCCAGAGCAAGAGAAT;
B3:ATACCACAAGATCAGCCG;
内引物:FIP:CAAAGCAAAGGTAATCATCATCGCAATACCCTTCCACTACGGAG;
BIP:ACCAACCCAGTGGTCATATTAACTAGACCCCACGTAATCCG;
环引物:LF:GGGGGTTTTAATCGCATT;
LB:ATCCAGAGCAAGAGAAT;
(3)优化后的LAMP体系为:20μmol/L的F3,B3引物各1μL;40μmol/L的FIP,BIP引物各1μL;10μmol/L的LF,LB引物各1μL;10×Bst buffer 2.5μL;10mmol/L的dNTP3.5μL;100mmol/L的Mg2+0.5μL;8U的Bst DNA聚合酶1.25μL;模板DNA 1μL;Eva Green20x 2μL,加灭菌双蒸水至25ul LAMP扩增反应体系;
(4)构建含目的片段的质粒,浓度稀释至108拷贝/μL,取1μL加入反应液中并混匀;
(5)置BIO-RAD96孔荧光定量PCR仪中进行LAMP扩增,收集荧光信号,反应程序为:63℃,20s,120个循环,SYBR通道收集荧光;
(6)扩增反应结束后,根据荧光PCR仪的扩增曲线和CT值判断检测结果;待测样品发生扩增,判断检测样本为阳性;待测样品不发生扩增,判断检测样本为阴性。
2.一种高灵敏、特异性地检测非洲猪瘟病毒的LAMP引物组合,其特征在于,所述的LAMP引物组合如下所述:
外引物:F3:ATCCAGAGCAAGAGAAT;
B3:ATACCACAAGATCAGCCG;
内引物:FIP:CAAAGCAAAGGTAATCATCATCGCAATACCCTTCCACTACGGAG;
BIP:ACCAACCCAGTGGTCATATTAACTAGACCCCACGTAATCCG;
环引物:LF:GGGGGTTTTAATCGCATT;
LB:ATCCAGAGCAAGAGAAT;
LAMP反应体系:20μmol/L的F3,B3引物各1μL;40μmol/L的FIP,BIP引物各1μL;10μmol/L的LF,LB引物各1μL;10×Bst buffer 2.5μL;10mmol/L的dNTP3.5μL;100mmol/L的Mg2+0.5μL;8U的Bst DNA聚合酶1.25μL;模板DNA 1μL;Eva Green20x 2μL,加灭菌双蒸水至25ulLAMP扩增反应体系。
3.权利要求2所述的LAMP引物组合在制备检测非洲猪瘟病毒试剂盒中的应用。
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