[发明专利]用于梅毒病原体检测的液相杂交捕获文库及其构建方法

说明书

本发明提供一种用于梅毒病原体检测的液相杂交捕获文库及其构建方法。所述液相杂交捕获探针文库包括梅毒基因组序列和人基因组参照序列；所述梅毒基因组序列每隔10‑20bp截取50‑70bp，得到探针序列；将所得到探针序列与病原体数据库进行比对，选取其中特异比到梅毒上的序列作为液相杂交捕获文库的探针序列。本发明的梅毒病原体检测的液相杂交捕获文库对于目标捕获区域的合理设计，保证了各区域液相杂交捕获探针文库的均一性，可大幅提高检测灵敏度及准确性。

技术领域

本发明属于分子生物学技术领域，涉及一种用于梅毒病原体检测的液相杂交捕获文库及其构建方法。

背景技术

感染性疾病是目前引起人类疾病的主要原因之一。据预测，全球每年约4000万人感染，50万死亡。中国每年约1500万感染，20万死亡。对于感染性样本的检测，目前主要的检测方法还是免疫学/分子生物学和分离培养为主。临床感染患者表现类型多种多样，主要有血流感染、神经系统感染、呼吸道感染及消化道感染症候群，而引起人们感染的病原体多种多样，包括细菌、真菌、病毒、寄生虫、支原体、衣原体、立克次氏体、螺旋体等。很多病原体感染能够引起不同的临床表型，不同的病原体感染也能够引起同样的临床表现，这也决定了检测方法的多样性和复杂性。传统的病原微生物检测手段包括基于抗原抗体的免疫学方法和基于核酸检测的方法已经无法满足未知病原体快速检测的需要。因此，一种通用的快速方法对于急性感染患者来说尤为重要。而二代测序技术以能一次并行对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定，通过生物信息学分析获得所测样本的基因序列信息。二代测序技术已经成为国内外新发突发病原微生物引起的疫情的首要确证手段，如我国2009年的蜱虫病，2009年开始的甲型H1N1流感和2013年H7N9流感。在世界范围内,还有2011年5月出现的德国大肠杆菌O104:H4疫情2011年7月出现的荷兰超级耐药肺炎克雷伯菌Oxa4疫情，以及2014年震惊世界的西非埃博拉病毒疫情。近年来，随着二代测序成本的降低，其已经走进了日常临床检验中，美国FDA和我国CFDA先后颁布了指导原则，解决目前临床急性感染和重症感染患者诊断难的问题。

其中梅毒是一类典型的感染性疾病，梅毒是梅毒螺旋体引起的系统性疾病。一般将梅毒分为三期：一期梅毒(如感染部位溃疡或硬下疳)、二期梅毒(包括但不限于皮疹、皮肤黏膜病变及淋巴结病变)和三期梅毒(如心脏病变或树胶肿)。梅毒的发病率近年来逐年升高，是应该引起高度重视的乙类传染病。

隐性梅毒，也称潜伏梅毒临床表现为无任何梅毒性的症状及体征，但其具有更高的传染风险。一期梅毒硬下疳和二期梅毒都具有自限性，且一般不留痕迹，如未能治疗或治疗不成功，则进入隐性梅毒阶段。

而这其中神经性梅毒是较难诊断的一类，神经梅毒是梅毒螺旋体侵犯中枢神经系统所引起的慢性系统感染性疾病。病程可出现在梅毒的各个时期(包括早期梅毒)，表现为颅神经功能障碍、脑膜炎、脑卒中、神经状态的急性病变、听力和视力下降等。

因此，鉴于梅毒临床表现复杂，误诊率高，迫切需要一种能够快速、灵敏、便捷、准确检测梅毒的方法及试剂盒。

发明内容

在一种实施方式中，本发明提供一种用于梅毒病原体检测的液相杂交捕获文库，所述液相杂交捕获探针文库包括：梅毒基因组序列和人基因组参照序列；所述梅毒基因组序列每隔10-20bp截取50-70bp，得到探针序列；将所得到探针序列与病原体数据库进行比对，选取其中特异比到梅毒上的序列作为液相杂交捕获文库的探针序列；所述基因组参照序列作为内参以保证液相杂交捕获效果，其选自人基因组保守序列。

在一种实施方式中，所述梅毒基因组序列是GenBank号：CP003679.1的序列。

在一种实施方式中，所述梅毒基因组序列每隔12bp截取65bp，得到探针序列；将所得到探针序列与病原体数据库进行比对，选取其中特异比到梅毒上的序列作为液相杂交捕获文库的探针序列。