[发明专利]一种miRNA数据与转录组数据贯穿分析的方法及系统

权利要求书

1.本发明提出一种miRNA测序和转录组学测序数据的贯穿分析方法，包括如下步骤：

步骤S1，对样本进行小RNA测序，对小RNA测序数据进行生物信息分析，根据miRNA的表达量，筛选得到差异表达的miRNA；

步骤S2, 对样本进行转录组测序，并对转录组测序数据进行生物信息分析，根据mRNA的表达量，筛选得到差异表达的mRNA；

步骤S3，选择小RNA测序和转录组测序得到的差异表达的miRNA和差异表达的mRNA进行后续关联分析。

2.如权利要求1一种miRNA测序和转录组学测序数据的贯穿分析方法，其特征在于：所述的对样本进行小RNA测序并对小RNA测序数据进行生物信息分析；得到样本中miRNA的表达量，根据p0.05且|log2FC|1筛选出差异表达的miRNA；对于两组样本，是直接根据上述标准筛选得到差异表达的miRNA；对于多组样本，是取多个比较组差异表达的miRNA并集。

3.如权利要求1一种miRNA测序和转录组学测序数据的贯穿分析方法，其特征在于：步骤S1中不仅限于根据miRNA表达量筛选出差异表达的miRNA，还可以对差异表达的miRNA进行靶基因预测，并对差异表达的miRNA的靶基因进行GO或者KEGG功能富集分析等。

4.如权利要求1一种miRNA测序和转录组学测序数据的贯穿分析方法，其特征在于：所述的对样本进行转录组测序并对转录组数据进行生物信息分析，得到样本中mRNA的表达量，根据FDR0.05 且 |log2FC|1筛选出差异表达的mRNA；对于两组样本，是直接根据上述标准筛选得到差异表达的mRNA；对于多组样本，是取多个比较组差异表达的mRNA并集。

5.如权利要求1一种miRNA测序和转录组学测序数据的贯穿分析方法，其特征在于：步骤S2中不仅限于筛选出差异表达的mRNA，还可以对差异表达的mRNA进行GO或KEGG功能富集分析等。

6.如权利要求1一种miRNA测序和转录组学测序数据的贯穿分析方法，其特征在于：所述的选择小RNA测序和转录组测序得到的差异表达的miRNA和差异表达的mRNA进行关联分析；miRNA与mRNA存在相互调控关系需满足两个条件：1）miRNA和mRNA存在靶向关系；2)miRNA和mRNA表达量负相关；具体包括如下步骤：

步骤S3.1 筛选出满足miRNA与mRNA存在靶向关系，根据miRNA和靶基因的差异表达结果及两者的靶向关系结果，筛选出表达量负相关的miRNA-靶基因对；

步骤S3.2 miRNA靶向能力分析，miRNA靶向基因的数量可在一定程度上反映出miRNA的调控能力，对miRNA靶向基因数量进行统计；结果可以通过以miRNA靶基因数量为横坐标，以靶向特定数量靶基因的miRNA数量为纵坐标的miRNA靶基因数量分布图进行结果展示；

步骤S3.3 基因结合miRNA能力分析，基因结合miRNA的数量可在一定程度上反映该基因参与调控的能力，对基因结合miRNA的数量进行统计；分析结果以基因结合miRNA数量分布图进行展示，横坐标为被靶向miRNA数量，纵坐标为mRNA数量；

步骤S3.4 miRNA负相关靶基因富集分析，对上述步骤中筛选出的miRNA负相关的靶基因进行GO富集分析、KEGG富集分析；

步骤S3.5 cytoscape分析，利用Cytoscape构建调控网络图。

7.如权利要求6一种miRNA测序和转录组学测序数据的贯穿分析方法，其特征在于：所述的筛选miRNA与mRNA存在靶向关系，且表达量负相关的miRNA-靶基因对；包括对两组样本和多组样本间进行筛选；0对于两组样本，即筛选出样本中差异表达的miRNA出现上调, 其对应靶基因出现下调；或者样本中差异表达的miRNA出现下调，其对应的靶基因出现上调的miRNA-靶基因对；对于多组样本，结合miRNA和靶基因的相关性及两者靶向关系分析结果，计算pearson相关系数，根据“相关系数小于-0.7且p值小于0.05”的标准筛选出表达量负相关的miRNA-靶基因对。

8.一种miRNA测序和转录组学测序数据的贯穿分析系统，包括：

小RNA测序分析单元，用于对实验样本进行小RNA测序，对小RNA测序数据进行生物信息分析，根据miRNA的表达量，筛选得到差异表达的miRNA，并对差异表达的miRNA进行靶基因预测，可以对差异表达的miRNA的靶基因进行GO/KEGG功能富集分析；

转录组测序分析单元，用于对实验样本进行转录组测序，并对转录组测序数据进行生物信息分析，根据mRNA的表达量，筛选得到差异表达的mRNA，可以对差异表达的mRNA进行GO/KEGG功能富集分析；

贯穿分析单元，用于将所述小RNA测序分析单元获得的差异表达的miRNA测序数据和所述转录组测序分析单元获得的差异表达的mRNA测序数据进行贯穿分析。