[发明专利]检测人TERT启动子突变的引物和探针、试剂盒和装置在审

专利信息
申请号: 201910653623.1 申请日: 2019-07-19
公开(公告)号: CN111850117A 公开(公告)日: 2020-10-30
发明(设计)人: 罗韬;葛佳;李云航;肖晓;谢立群 申请(专利权)人: 上海睿昂基因科技股份有限公司
主分类号: C12Q1/6886 分类号: C12Q1/6886;C12Q1/686;C12N15/11
代理公司: 北京和信华成知识产权代理事务所(普通合伙) 11390 代理人: 胡剑辉
地址: 201403 上海*** 国省代码: 上海;31
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摘要:
搜索关键词: 检测 tert 启动子 突变 引物 探针 试剂盒 装置
【权利要求书】:

1.一种用于检测人TERT启动子突变的微滴PCR试剂盒,其特征在于,所述试剂盒中含有TERT C228T ddPCR反应液和TERT C250T ddPCR反应液;

所述TERT C228T ddPCR反应液中含有用于检测TERT 228号密码子突变的引物和探针:由SEQ ID NO:1所示的上游引物,由SEQ ID NO:2所示的下游引物,由SEQ ID NO:3所示的野生型探针和SEQ ID NO:4所示的突变型探针;

所述TERT C250T ddPCR反应液中含有用于检测TERT 250号密码子突变的引物和探针:由SEQ ID NO:1所示的上游引物,由SEQ ID NO:2所示的下游引物,由SEQ ID NO:5所示的野生型探针和SEQ ID NO:6所示的突变型探针。

2.根据权利要求1所述的微滴PCR试剂盒,其特征在于,所述探针均带有荧光基团和淬灭基团,所述野生型探针与所述突变型探针的荧光基团不同;

优选地,所述荧光基团选自FAM、VIC、HEX、Cy5和Cy3,所述淬灭基团选自MGB、BQH1、TAMARA和BHQ2;

进一步优选的,所述野生型探针的荧光基团选自VIC,所述野生型探针的淬灭基团选自MGB,所述突变型探针的荧光基团选自FAM、所述突变型探针的淬灭基团选自MGB。

3.根据权利要求1所述的微滴PCR试剂盒,其特征在于,引物和探针的浓度为0.1~5μM,优选的,引物的浓度为1.8μM,探针的浓度为0.4μM。

4.根据权利要求1所述的微滴PCR试剂盒,其特征在于,所述试剂盒中还含有ddPCRMIX3,所述ddPCR MIX3中的主要成分包括dNTPs、KCl、Tris-HCl、MgCl2、DTT和Taq酶。

5.根据权利要求1所述的微滴PCR试剂盒,其特征在于,所述试剂盒中还含有对照品,所述对照品包括阴性对照和阳性对照,所述阴性对照的主要成分为工艺用水,所述阳性对照的主要成分为由SEQ ID NO:7~SEQ ID NO:9所示的质粒混合液。

6.根据权利要求1所述的微滴PCR试剂盒,其特征在于,所述微滴PCR试剂盒的待测样本选自石蜡包埋组织切片、穿刺组织、胸水、全血、外周血、口腔黏膜、胸腔积液、血浆和血清。

7.一种检测基因突变的装置,其特征在于,所述装置包括PCR混合液制备单元、数字PCR反应单元和信息处理单元;

所述PCR混合液制备单元用于将待测DNA模板与ddPCR反应液混合,制备得到ddPCR混合液;

所述ddPCR反应液包括如权利要求1所述的TERT C228T ddPCR反应液和TERT C250TddPCR反应液。

8.根据权利要求7所述的装置,其特征在于,所述数字PCR反应单元配置用于将所述PCR混合液制作PCR微反应液滴,再进行PCR扩增反应。

9.根据权利要求8所述的装置,其特征在于,所述PCR扩增反应的反应条件为:93~96℃预变性8~15分钟;93~96℃变性5~50秒,56~60℃延伸30-90秒,共进行30~40个循环,97~99℃保温8~10min,2~5℃终止反应;

优选地,所述PCR扩增反应的反应条件为:95℃预变性10分钟;94℃变性15秒,58℃延伸30秒,共进行40个循环,98℃保温10min,4℃保温5分钟终止反应。

10.一种用于检测人TERT启动子突变的引物和探针,包括以下引物和探针:

(1)用于检测TERT 228号密码子突变的引物和探针:由SEQ ID NO:1所示的上游引物,由SEQ ID NO:2所示的下游引物,由SEQ ID NO:3所示的野生型探针和SEQ ID NO:4所示的突变型探针;

(2)用于检测TERT 250号密码子突变的引物和探针:由SEQ ID NO:1所示的上游引物,由SEQ ID NO:2所示的下游引物,由SEQ ID NO:5所示的野生型探针和SEQ ID NO:6所示的突变型探针;

优选的,所述探针均带有荧光基团和淬灭基团,所述野生型探针与所述突变型探针的荧光基团不同;

进一步优选地,所述荧光基团选自FAM、VIC、HEX、Cy5和Cy3,所述淬灭基团选自MGB、BQH1、TAMARA和BHQ2;

更进一步优选的,所述野生型探针的荧光基团选自VIC,所述野生型探针的淬灭基团选自MGB,所述突变型探针的荧光基团选自FAM、所述突变型探针的淬灭基团选自MGB。

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