[发明专利]ANGPTL5基因作为牛背膘厚分子标记及检测方法

说明书

本发明公开了ANGPTL5基因作为牛背膘厚分子标记及检测方法，通过对牛的全基因组DNA进行PCR扩增后，并通过直接测序的方法检测PCR产物序列存在的SNPs，发现了ANGPTL5基因序列内含子1和内含子2上的4个SNPs位点与牛背膘厚性状的相关性。提供了在DNA水平上，一种简单、快速和有效的筛查和检测与牛背膘厚性状密切相关的遗传标记，可应用于肉牛的分子育种，在牛饲养初期，以功能SNPs作为中国西门塔尔牛背膘厚性状改良的分子育种和辅助选择的标记，能够快速预测和评估牛的背膘厚，从而在降低成本的前提下，进一步提高牛肉质，加快良种选育速度和提高种群品质。

技术领域

本发明公开ANGPTL5基因作为牛背膘厚分子标记的用途，同时还提供了检测方法，涉及一种与中国西门塔尔牛背膘厚性状相关的ANGPTL5基因单核苷酸多态性及其检测方法和应用，属于生物技术领域。

背景技术

随着肉牛产业和经济的发展，消费者对牛肉品质和口感的要求越来越高，因此，肉质性状和胴体性状在牛育种和性状改良等研究备受关注。肉质性状包括眼肌面积、脂肪颜色、大理石花纹评分，胴体性状包括胴体重、胴体长、胴体深、屠宰率、屠宰PH，净骨重、背膘厚等。其中，背膘厚是在十二至十三肋骨之间的背部肉厚，可以反映出牛的育肥状况，背膘越厚，说明脂肪含量越高，因此，是活体评估肉质性状的一个重要性状。背膘厚受饲料营养、饲养环境和遗传等诸多因素影响。

血管生成素样蛋白（Angiopoietin-ike protein，ANGPTLs）是一类与血管生成素高度同源的分泌糖蛋白家族，是血管生成的重要调控因子。2002年，李增在对人类胎儿大脑cDNA文库进行大规模DNA测序时，克隆了一种新的人类血管生成素样cDNA，根据其与ANGPTLs家族其他几个成员在氨基酸序列上的同源性，将新发现的基因命名为ANGPTL5。

目前，已在人、牛、马、黑猩猩、犬、小鼠、斑马鱼、热带爪蟾、鸡、恒河猴、猪等多种生物中发现了ANGPTL5的存在。牛血管生成素样蛋白5基因位于牛15号染色体，有8个外显子。该基因编码388个氨基酸，氨基酸序列具有N-末端卷曲螺旋结构域和C-末端纤维蛋白原样结构域。其mRNA在牛各组织中均表达，在心脏中表达水平最高，其它组织表达水平均较低。但目前对于牛ANGPTL5基因的功能研究较少。

发明内容

本发明公开ANGPTL5基因作为牛背膘厚分子标记的用途，针对中国西门塔尔牛该基因SNPs进行检测，为牛ANGPTL5基因SNPs的检测分析以及中国西门塔尔牛良种选育和品种改良提供分子标记。

本发明解决的问题在于先设计特异性检测引物，再利用直接测序的方法对中国西门塔尔牛的个体样品进行直接测序，提供了一种简单、快速、准确的牛ANGPTL5基因多态性的检测方法。

本发明所述的ANGPTL5基因作为牛背膘厚分子标记中的用途，其特征在于，该基因的单核苷酸多态性位点包括：

1）牛ANGPTL5基因的第1内含子的SNP1-I1-1776GA单核苷酸多态性位点；

2）牛ANGPTL5基因的第2内含子SNP2-I2-77TC单核苷酸多态性位点；

3）牛ANGPTL5基因的第2内含子SNP2-I2-1391CT单核苷酸多态性位点；

4）牛ANGPTL5基因的第2内含子SNP2-I2-1505AT单核苷酸多态性位点；

本发明所述的所述的ANGPTL5基因单核苷酸多态性作为牛背膘厚分子标记的检测方法,包括以下步骤：

1）采集需要检测的牛的全血或组织样品，用牛的全血或组织样品进行基因组DNA提取；

2）根据牛ANGPTL5基因序列设计的2对引物如下：

ANGPTL5-1S：5’GAATGTCCTGCTGGCATAGAA 3’；