[发明专利]一种用于鉴定表皮葡萄球菌的序列及方法

说明书

本发明提供一种用于表皮葡萄球菌鉴定的特异性DNA片段、特异性引物探针及其应用，所述用于表皮葡萄球菌鉴定的特异性DNA片段的核苷酸序列如序列表中的SEQ ID No.1所示。在该特异性DNA片段上设计特异性引物探针，所述用于表皮葡萄球菌鉴定的特异性扩增引物探针具有快速、准确地完成鉴定表皮葡萄球菌的作用。

技术领域

本发明涉及数字PCR技术领域，具体涉及一种快速准确的鉴定表皮葡萄球菌的方法。

背景技术

院内感染是指病人在进入医院以后发生的感染，由于患者自身免疫力低下，院内人员之间的交叉感染、医疗器械感染性细菌粘附等等。导致院内感染的微生物包括细菌、病毒、真菌、寄生虫等。

表皮葡萄球菌属于凝固酶阴性葡萄球菌，广泛存在于人类皮肤及粘膜表面，通常与人类保持良好的共生关系，可通过竞争性抑制作用防止其他病原菌的入侵，通常不致病。然而随着医疗技术的不断发展，植入性医疗器材及留置管的广泛使用，而表皮葡萄球菌可黏附于医疗器械上，随之引起的细菌性感染越来越普遍，移植成活率也大大降低，研究表明，表皮葡萄球菌已经成为医院感染的主要病原体之一。因此准确、快速地检测表皮葡萄球菌具有十分重要的意义。

目前常用的细菌检测方法包括细菌分离培养、免疫学方法、分子生物学检测方法等。其中细菌分离鉴定操作繁琐，费时耗力，往往会延误病情；免疫学方法特异性差，灵敏度偏低；随着分子生物学技术的发展，越来越多分子生物学技术运用在细菌分类鉴定上，这些技术主要对细菌DNA片段进行分析，从分子水平进行细菌分类鉴定，使细菌分类更科学、精确。

发明内容

针对现有技术的不足及实际的需求，本发明提供一种用于表皮葡萄球菌鉴定的特异性DNA片段、特异性引物探针及其应用，本发明通过多重BLAST筛选分析发现一段表皮葡萄球菌的特异性DNA片段，针对该片段设计引物探针，构建了鉴定体系，并进行特异性实验，证明该基因可有效鉴定或检测表皮葡萄球菌，特异性好，准确性高，操作简便，具有广阔的应用前景和市场价值。

在一种实施方式中，本发明提供一种用于表皮葡萄球菌鉴定的特异性DNA片段，所述特异性DNA片段的核苷酸序列为SEQ ID No：1：AAGAAAAACGTATTCCAATTAGTATTGAGGTTCCTGATGAAATTGATCGTATCTCTATGAATACTGTTGAGCTTAGTCGTATTATCGGTATTATAGTTGATAATGCTATTGAAGCTTCAGAAAATCTTGAGGAACCACTCATCAATATC。

在一种实施方式中，所述片段通过在线BLAST获得，BLAST所选片段时，在表皮葡萄球菌中，其覆盖度大于97％，在其他的细菌中，相似序列覆盖度小于77％或无相似序列。

在一种实施方式中，本发明提供一种鉴定表皮葡萄球菌的方法，所述方法包括以下步骤：步骤1：针对权利要求1的所述特异性DNA片段设计用于扩增检测的上、下游引物和探针；步骤2：获得细菌DNA样本，得到待测模板；和步骤3：使用数字PCR方法，鉴定所述细菌DNA样本是否为表皮葡萄球菌。

在一种实施方式中，步骤1中所述引物Tm值在56-65℃，探针Tm值在65-75℃。

在一种实施方式中，所述上游引物的核苷酸序列为SEQ ID No：2：CGTATTCCAATTAGTATTGAGGTTC；所述下游引物的核苷酸序列为SEQ ID No：3：AGTGGTTCCTCAAGATTTTCTGA；所述探针的核苷酸序列如序列表中SEQ ID No：4：AGCTTAGTCGTATTATCGGT。

与现有技术相比，本发明可快速检测与鉴定表皮葡萄球菌，特异性好，操作简便，耗时短，可快速鉴定临床病人是否感染表皮葡萄球菌，为临床用药提供指导。具有广阔的应用前景和市场价值。

附图说明

为更好体现本发明PCR鉴定体系的特异性与准确性，将对实施例中所需要使用的附图作简单地介绍。