[发明专利]一套用于构建桃DNA指纹图谱的SSR引物、应用及构建方法

说明书

本发明公开了一套用于构建桃DNA指纹图谱的SSR引物、应用及构建方法，所述SSR引物由10对引物组成，包括如SEQ ID NO.1‑SEQ ID NO.20所示的核苷酸序列。本发明通过对6份亲缘关系较远的种质为试材进行高深度重测序，对桃全基因组水平上的SSR位点进行检测，鉴定出141895个SSR标记位点。利用生物信息学手段分析了桃全基因组SSR位点在6份种质上的分布和多态性，获得187对多态性SSR位点。对187个位点设计出164对SSR引物，利用21个代表性品种为试材，对初始引物进行PCR扩增，从中获得10对多态性高、稳定性强、分辨率高、重复性好，非特异扩增片段少的核心引物。用10对核心引物对200份种质进行扩增，获得它们的基因型数据，区分率达到100％。

技术领域

本发明涉及一套用于构建桃DNA指纹图谱的SSR引物、应用及构建方法，属于桃分子生物技术领域。

背景技术

桃(prunus persica L.)，2n＝16，是一种重要的蔷薇科(Rosaceae)李属(Prunus)多年生木本落叶果树，是世界四大落叶果树之一。目前，桃在全世界范围内栽培广泛，全球240多个国家(地区)均有栽培；根据世界粮食与农业组织的统计，2017年世界桃总产量2446.5万吨，产值高达137.0亿美元，其中中国桃栽培总面积为78.2万公顷，产量1418.97万吨，分别占世界的51.2％和58％，是世界第一产桃大国。

桃品种资源是桃产业的基础，我国桃品种资源圃现保存的种质2000多份，每年选育的新品种都有近百个。在苗木市场，具有相似表型的不同芽变品种和同物异名现象非常普遍，不仅果农难以判断最适合的种质，也不利于育种者保护新品种的知识产权。在过去一段时间里，对植物新品种进行特异性、一致性和稳定性(简称DUS)测试是农作物品种鉴定常用的技术手段，但在多年生无性繁殖作物上应用周期长、易受环境影响、稳定性差等问题，在一定程度上限制了DUS工作的开展。目前在果树上仅有苹果和枣建立了相应的DNA身份鉴定分子标准，在桃上尽管有不少标记开发种质分子身份证构建的研究，但存在鉴定流程不系统、程序不标准、结果重复性差等问题。

近20年来迅速发展起来的基于DNA的分子标记技术，如RFLP(Amplified FragmentLength Polymorphism，扩增片段长度多态性)、RAPD(random amplified ploymorphicDNA，随机扩增多态性DNA)、AFLP(amplified fragment length polymorphism，扩增片段长度多态性)、SSR(simple sequence repeat，简单重复序列)、SNP(Single NucleotidePolymorphism，单核苷酸多态性)等，能从本质上反映生物个体差异，具有高度个体特异性和稳定可靠性，能够准确、快速的对新品种及现存品种进行鉴定。RFLP、RAPD、AFLP技术曾被应用到建库上，但因技术的稳定性、复杂性及数据整合等问题未广泛应用，其中SSR和SNP由于均为共显性、反映的是具体片段或序列信息的标记而被国际新品种保护联盟推荐为品种真实性鉴定和数据库构建的优选标记。SSR是一种以特异引物对串联重复区段进行PCR为基础的分子标记技术，具有多态性丰富、分辨率高、位置固定和易于检测等优点，与其他标记和表型性状鉴定具有明显的优势，是表型DUS测试的重要补充。

随着二代测序技术的发展，测序通量呈现指数增长趋势，而测序成本则急剧降低，为全基因组水平SSR标记的开发提供了强有力的技术支持。基于荧光标记毛细管电泳平台，实现了SSR检测技术的高效化和自动化。利用6份高深度重测序数据，筛选出高多态性的SSR标记对桃种质进行鉴定，为保护中国桃地方品种、育成品种及其近缘野生种的知识产权提供理论依据。

发明内容

针对现有技术的不足，本发明的目的是提供一套用于构建桃DNA指纹图谱的SSR引物、应用及构建方法，该SSR引物组合可用于构建出桃DNA指纹图谱。

为了实现上述目的，本发明的技术方案是：

一套用于构建桃DNA指纹图谱的SSR引物，由10对引物组成：