[发明专利]一种用于鉴定样品中幽门螺杆菌的细菌分型和耐药类型的二代测序建库方法

权利要求书

1.一种用于鉴定样品中幽门螺杆菌的细菌分型和耐药类型的二代测序建库方法，其特征在于，包括：

步骤S1，引物的设计和筛选，根据待测靶基因设计特异性引物；

步骤S2，合成通用引物对，所述通用引物对用于多重扩增体系中；

步骤S3，合成过渡性引物对，所述过渡性引物对包括通用引物序列与待测靶基因引物序列；

步骤S4，合成建库引物对，所述建库引物对包括Barcode测序引物序列与通用引物序列；

步骤S5，基因组的提取，提取样品中的细菌基因组；

步骤S6，第一次PCR处理，在PCR扩增体系中加入所有的特异性引物对进行第一轮的多重扩增，回收产物并稀释，作为下一轮多重扩增的模板；

步骤S7，第二次PCR处理，在PCR扩增体系中加入通用引物对和所有的过渡性引物对进行第二轮的多重扩增，回收产物并稀释，作为下一轮多重扩增的模板；

步骤S8，第三次PCR处理，在PCR扩增体系中加入建库引物对进行第三轮的建库扩增，回收产物，获得制备完毕的文库；其中，每份需执行建库扩增的样品对应一组含不同Barcode信息的建库引物；

步骤S9，NGS靶基因测序，使用测序SOP对扩增子制备文库进行测序；

步骤S10，NGS分析，对样品中的靶基因序列进行分析。

2.根据权利要求1所述的一种用于鉴定样品中幽门螺杆菌的细菌分型和耐药类型的二代测序建库方法，其特征在于，所述步骤S 1还包括，引物扩增相应靶基因的长度需要与测序长度和分析方法结合，不超出测序长度；所述分析方法包括SNP分析方法，所述通用引物对的Tm值均为唯一值。

3.根据权利要求1所述的一种用于鉴定样品中幽门螺杆菌的细菌分型和耐药类型的二代测序建库方法，其特征在于，所述步骤S4还包括，所述建库引物对的Barcode测序引物序列的种类为若干种。