[发明专利]鉴定桃果实离核性状的分子标记引物组合及其应用

说明书

本发明公开了一组可以鉴定桃种质粘离核性状的分子标记引物组合及其应用，以期应用于桃粘离核性状分子标记辅助选择。本发明提供一组可以鉴定桃粘离核性状的分子标记引物组合，为JYSNP‑1，JYSNP‑2，JYSNP‑3中任一个，可用于桃育种材料果实粘离核性状的快速鉴定。本发明基于开发的分子标记引物组合提供用于辅助筛选优良桃种质资源的方法，在桃粘离核性状表型预测上有重要的指导意义，具有操作简单、高效快速、成本低、结果准确等优点。

技术领域

本发明涉及一组鉴定桃果实离核性状的分子标记引物组合及其应用，属于分子生物学领域。

背景技术

桃[Prunus persica(L.)Batsch]属于蔷薇科(Rosaceae)，李属(Prunus L.)，起源于我国西部地区，是我国重要的栽培果树之一。我国桃种质资源较为丰富，利用现有资源选育具有更高经济价值的新优品种是提高我国桃品质和产量的有效途径之一。果肉粘离核是桃果实的重要性状之一；离核是指当人吃或掰开果实，果肉可以与桃核顺利分离，并且桃核上不会残留多少果肉；而粘核指果肉不会与桃核顺利分离，并且桃核上会残留很多果肉。在《果树种质资源描述符》中，针对桃粘离核性状一项，分为离核、半离核、粘核3级。

通过常规杂交育种方法选育优良品种，存在育种周期长、占地面积大、栽培管理费用高等不足。现代生物技术的发展为桃育种提供一种有效的辅助方法——DNA分子标记，如SSR、AFLP、SNP等直接以遗传物质DNA为研究对象，揭示物种间的遗传多样性，可借此有效的开展育种过程中早期鉴定和选择工作。相信在不久的将来随着分子生物技术的进一步发展以及各种作物图谱的日趋饱和分子标记辅助育种定会发挥更大的作用。

近年来，相关研究虽然开发了与桃果实粘离核基因连锁的SSR、AFLP等分子标记，但是尚有一定连锁距离，且受限于标记密度、数量和研究手段等众多因素的影响，仅为桃粘离核性状分子标记辅助育种方面研究提供参考依据，其实用价值、准确率和检测效率不详。授权公告号为CN201511000523.7的发明专利公开了一种调控桃果实离核核软化性状的基因及其应用，其中，提供了与果实粘离核性状相关联的分子标记，可以用于粘离核表型的检测；但是，该分子标记PCR扩增产物片段过长(>1000bp)，难以应用于荧光毛细管电泳和荧光定量PCR仪基因分型等高通量检测技术平台(通常要求产物片段长度<500bp，但是建议产物片段长度<200bp，效果较好)，此外，该分子标记数量较少，须对样品逐一检测，不能实现高通量分型，当面对大量群体样本检测任务时，检测效率极低，工作量较大，费时费工，实用性较差。因此，提供一种新的分子标记组合及其检测方法，借以提高灵敏性、准确性和工作效率，并实现高通量分型检测和大群体样本的分子标记辅助筛选，成为本领域研究人员急需解决的技术问题。

目前SNP的常用检测方法是等位基因特异性PCR(A1lele apecific PCR，AS-PCR)，AS-PCR是基于引物3’端碱基与DNA模板匹配与否来区分SNP位点。理论上，只要末位碱基不配对，那么引物无法有效延伸；但是末位单碱基错配往往不能达到预期的分辨效果。随着指数级的DNA扩增，错配产物的数量也相当可观，完全可以达到影响分辨率的程度。有鉴于此，本发明基于利用Pfu高保真DNA(deoxyribonucleic acid,脱氧核糖核酸)聚合酶对引物3’末端错配碱基的校正机制，再对引物的3’末端加以硫代磷酸化修饰，配对的修饰引物得到产物，而不配对的修饰引物则被终止聚合反应因而不会有产物。这种配对引物被延伸，而不配对引物则不被延伸的二元化效果完美地满足了基因分型检测时非此即彼的要求，实现了基因检测系统中假阳性的显著降低。

发明内容

本发明的目的是提供一组可用于鉴定桃粘离核性状的分子标记引物组合及其应用。

为达到上述目的，本发明采用的技术方案为：一种鉴定桃粘离核性状的分子标记引物组合，包括一个引物对，所述引物对从以下三个引物对中选择其一：