[发明专利]一种用于FFPE样本DNA质控的试剂盒及检测方法

说明书

本发明公开了一种用于FFPE样本DNA质控的试剂盒及检测方法，属于生物检测技术领域。本试剂盒中包含的引物和探针序列如SEQ ID NO：1、SEQ ID NO：2、SEQ ID NO：3、SEQ ID NO：4所示，实施步骤包括：采用生物信息学技术手段在人类基因组序列上(hg19)设计了3条PCR扩增引物，通过三条引物采用荧光定量PCR技术对待评估标本进行PCR扩增(包含108bp和212bp的扩增产物)，根据两个扩增产物的CT值差异以及浓度，对标本质量进行评估，为PCR扩增或第二代测序(NGS)等下游分子实验提供重要的样本质量依据。

技术领域

本发明属于生物技术技术领域，具体涉及一种用于FFPE样本DNA质控的试剂盒及检测方法。

背景技术

使用福尔马林固定石蜡包埋(Formalin-fixed and Paraffin-embedded，FFPE)方法处理组织样本，能够使样本得到较长时间地保存，因此该方法被广泛用在临床病理检验、医学科学研究和生物样本保存等工作中。目前，在医学或生物学研究机构的组织样品库中，存在着数量巨大的FFPE样本，这些样本为阐明疾病的发病机制、发掘新药物的治疗靶点和全面的回顾性研究等工作提供了珍贵的研究材料。

随着科学技术的发展，第二代测序技术(Next-generation sequencingtechnology，NGS)的出现极大地提高了研究人员对基因的检测能力。测序速度快，通量高，不断降低的测序成本等优势，使得NGS方法成功应用在医学检验的工作中，并成为检验人员的得力工具。同时，NGS对组织样品库中保存的众多FFPE样本进行大规模基因测序也成为可能。然而由于样本处理和保存过程中众多的不可控因素，FFPE样本存在DNA降解和碎片化的风险，不同FFPE样本的DNA降解程度/完整性差异很大。在NGS检测过程中，如果采用相同的测序策略将会严重影响最后有效测序数据的产出。因此，在对FFPE样本DNA进行NGS测序或其他分子检测前，准确评估DNA浓度和完整性是十分必要的。

目前检测DNA浓度方法主要有Nanodrop微量分光光度计和Qubit荧光定量。Nanodrop主要利用DNA在260nm、280nm处的吸光值计算DNA浓度；Qubit利用可特异结合dsDNA的荧光染料，在特定波长光源的激发下发出的荧光值计算DNA浓度。该2种方法只能检测DNA浓度，不能反映出DNA完整性。

检测FFPE样本DNA完整性的常用方法有：琼脂糖凝胶电泳、核酸片段分析仪及qPCR方法。琼脂糖凝胶电泳是利用核酸分子被放置在电场中时，带负电的核酸分子会向正电极的方向迁移，而迁移速度取决于核酸分子本身的大小和构型，即分子量较小的DNA分子比分子量较大的DNA分子迁移要快些。利用该特性琼脂糖凝胶电泳可区分FFPE样本DNA的片段大小分布。核酸片段分析仪的作用原理与琼脂糖凝胶电泳类似。

本发明，采用生物信息学方法设计了3条PCR引物和1条探针，通过3条引物和1条探针对待检进行荧光定量PCR扩增(扩增108bp和212bp的片段)，根据两个扩增子的CT值差异以及得到的待测标本浓度，对标本质量进行评估，为PCR扩增或第二代测序(NGS)等下游实验提供重要的样本质量依据。

发明内容

本发明提供了一种利用人类基因组中存在的多拷贝同源序列并基于Taqman-MGB探针技术定量检测FFPE样本DNA的浓度和完整性的试剂盒。

一种用于FFPE样本中DNA质控的试剂盒，该检测试剂盒包括用于扩增的试剂包括以下3条引物和1条探针，其中3条引物分别为：

SEQ ID NO.：1：CCAAGAGGTAGAGATCATCAAGAGC；

SEQ ID NO.：2：TCCATTAGACCAGAAAAGACAGCA；

SEQ ID NO.：3：CCAAGAATCAAGACAGACACAAA；