[发明专利]一种肿瘤突变分析方法、系统、终端及可读存储介质

权利要求书

1.一种基于二代测序的肿瘤突变分析方法，其特征在于，该方法包括：

过滤肿瘤样本的捕获区间的样本基因组测序序列，所述肿瘤样本的类型为肿瘤单样本或肿瘤/对照配对样本之一；

将过滤后的所述样本基因组测序序列与参考基因组序列相比对；

对肿瘤样本比对质量进行质控，

根据肿瘤样本类型进行单核酸变异检测和插入缺失标记检测

判断捕获区间的蛋白编码区间是否超过1M，若是，则根据肿瘤样本类型进行肿瘤突变负荷检测，若否，则跳过肿瘤突变负荷检测步骤；

根据肿瘤样本类型进行基因拷贝数变异检测；

根据肿瘤样本类型进行融合检测；

对所述样本基因组测序序列进行微卫星不稳定性检测；

所述根据肿瘤样本类型进行单核酸变异检测和插入缺失标记检测的步骤中：

当所述肿瘤样本的类型为肿瘤单样本时，对所述肿瘤单样本进行单核酸变异检测和插入缺失标记检测，检测参数为突变丰度阈值不小于0.01，突变最低质量值为20，最低深度为10；

当所述肿瘤样本的类型为肿瘤/对照配对样本时，对所述肿瘤/对照配对样本进行单核酸变异检测和插入缺失标记检测，过滤参数为突变预测P值不大于0.05,突变丰度阈值不小于0.01,变异支持序列数不小于2条，对照突变支持率不大于0.01；

所述根据肿瘤样本类型进行肿瘤突变负荷检测的步骤中：

当所述肿瘤样本的类型为肿瘤单样本时，依次过滤掉所述肿瘤单样本中丰度低于5％的单核酸变异突变、插入缺失标记突变、已知的胚系突变、预测的胚系突变和已知的肿瘤驱动突变，保留肿瘤蛋白编码区间中的所有突变/肿瘤蛋白编码区间长度即为肿瘤突变负荷TMB值；

当所述肿瘤样本的类型为肿瘤/对照配对样本时，过滤掉所述肿瘤单样本中丰度低于5％的单核酸变异突变和插入缺失标记突变，保留肿瘤蛋白编码区间中的所有突变/肿瘤蛋白编码区间长度即为肿瘤突变负荷TMB值；

所述根据肿瘤样本类型进行基因拷贝数变异检测的步骤中：

当所述肿瘤样本的类型为肿瘤单样本时，对所述肿瘤单样本建立基线，再使用CBS算法对所述肿瘤单样本进行基因拷贝数变异检测；

当所述肿瘤样本的类型为肿瘤/对照配对样本时，使用CBS算法对所述肿瘤/对照配对样本进行基因拷贝数变异检测；

所述根据肿瘤样本类型进行融合检测的步骤中：

当所述肿瘤样本的类型为肿瘤单样本时，通过manta单样本模式进行融合检测；

当所述肿瘤样本的类型为肿瘤/对照配对样本时，通过manta配对样本模式进行融合检测；

所述对样本基因组测序序列进行微卫星不稳定性检测的步骤中：

获取捕获区间的微卫星位点信息；

建立微卫星位点正常人群基线；

进行微卫星不稳定性检测。

2.根据权利要求1所述的基于二代测序的肿瘤突变分析方法，其特征在于，所述获取捕获区间的微卫星位点信息；建立微卫星位点正常人群基线；进行微卫星不稳定性检测的步骤具体包括：

扫描参考基因组序列获取所有的微卫星位点；

根据基因组位置获取所述微卫星位点中在捕获区间的微卫星位点；

生成所述在捕获区间的微卫星位点的基线；

基于所述生成的在探针芯片捕获区间的微卫星位点的基线进行微卫星不稳定性分析；微卫星不稳定性分析判定条件为不小于20％以上的微卫星位点不稳定为MSI-high，10％-20％的微卫星位点不稳定为MSI-low，10％的微卫星位点不稳定为MASS。