[发明专利]一种肿瘤突变分析方法、系统、终端及可读存储介质

说明书

一种基于二代测序的肿瘤突变分析方法，其特征在于，该方法包括：过滤样本基因组测序序列；将过滤后的样本基因组测序序列与参考基因组序列相比对；对肿瘤样本比对质量进行质控，所述肿瘤样本的类型为肿瘤单样本或肿瘤/对照配对样本之一；根据肿瘤样本类型进行单核酸变异检测和插入缺失标记检测；根据肿瘤样本类型进行融合检测。本发明提供一整套自动化肿瘤突变生物信息分析流程，能够快速自动、全面的检测SNV(单核酸变异)、indel(插入缺失标记)、融合、CNV(基因拷贝数变异)、TMB(肿瘤突变负荷)、MSI等突变及标志物，能够挖掘更多肿瘤精准治疗靶点信息，为患者选择潜在获益的靶向药物提供更多帮助。

技术领域

本发明属于肿瘤基因检测技术领域，尤其涉及一种基于二代测序的肿瘤体细胞突变检测的生物信息分析方法、系统、终端及计算机可读存储介质。

背景技术

肿瘤基因检测对于肿瘤防治具有重要意义。随着二代测序(NGS)的快速发展，基因检测已经越来越多的指导临床肿瘤治疗实践，以分子检测的结果指导肿瘤临床治疗可以带来更多获益。肿瘤相关的突变有SNV、indel、CNV、融合等，目前一些药物如靶向药物具有特异性针对某种肿瘤基因突变达到精准杀伤的效果，不同肿瘤患者肿瘤驱动基因突变存在差异，可能会导致不同患者对同一药物产生不同、甚至截然相反的治疗效果，因此通过基因检测，了解患者发生了那种基因突变，适合应用哪种药物，也就达到了“量体裁衣”的效果，做到了“精准医疗”。然而，现有的生物信息分析流程复杂，参数繁多，需要经验丰富的专业生物信息分析人员才能完成；并且一般只能检测一种或者几种突变类型，检测的不够全面。因此，一种能够全面快速地检测肿瘤类型的分析方法成为实际需求。

发明内容

本发明的目的在于提供一种基于二代测序的肿瘤体细胞突变检测的生物信息分析方法、系统、终端及计算机可读存储介质的技术问题。

为了解决上述技术问题，本发明提供了一种基于二代测序的肿瘤突变分析方法，其特征在于，该方法包括：

过滤肿瘤样本的捕获区间的样本基因组测序序列，所述肿瘤样本的类型为肿瘤单样本或肿瘤/对照配对样本之一；

将过滤后的所述样本基因组测序序列与参考基因组序列相比对；

对肿瘤样本比对质量进行质控，

根据肿瘤样本类型进行单核酸变异检测和插入缺失标记检测

判断捕获区间的蛋白编码区间是否超过1M，若是，则根据肿瘤样本类型进行肿瘤突变负荷检测，若否，则跳过肿瘤突变负荷检测步骤；

根据肿瘤样本类型进行基因拷贝数变异检测；

根据肿瘤样本类型进行融合检测；

对所述样本基因组测序序列进行微卫星不稳定性检测。

具体地，所述根据肿瘤样本类型进行单核酸变异检测和插入缺失标记检测的步骤中：

当所述肿瘤样本的类型为肿瘤单样本时，对所述肿瘤单样本进行单核酸变异检测和插入缺失标记检测，检测参数为突变丰度阈值不小于0.01，突变最低质量值为20，最低深度为10；

当所述肿瘤样本的类型为肿瘤/对照配对样本时，对所述肿瘤/对照配对样本进行单核酸变异检测和插入缺失标记检测，过滤参数为突变预测P值不大于0.05,突变丰度阈值不小于0.01,变异支持序列数不小于2条，对照突变支持率不大于0.01。

具体地，所述根据肿瘤样本类型进行肿瘤突变负荷检测的步骤中：

当所述肿瘤样本的类型为肿瘤单样本时，过滤掉所述肿瘤单样本中丰度低于5％的单核酸变异突变、插入缺失标记突变、已知的胚系突变、预测的胚系突变和已知的肿瘤驱动突变，保留肿瘤蛋白编码区间中的所有突变/肿瘤蛋白编码区间长度即为肿瘤突变负荷TMB值；