[发明专利]一种与香猪产仔数相关的FSTL5基因中SV477标记及其检测方法

说明书

本发明公开了一种与香猪产仔数相关的SV477标记及其检测方法，其特征在于：SV477结构变异较猪参考基因组(Sscrofa 11.1)缺失477bp，位于类叶酸5基因(Follistatin‑like 5，FSTL5)内含子2中，区间为chr8：50916421‑50916897。对香猪繁殖性状和结构的关联分析显示，SV477缺失或正常对其产仔数有显著影响，在所有胎次中，II型所对应的的产仔数最高，产仔数最低的是DD型。

技术领域

本发明涉及家畜分子生物学检测领域，具体来说，涉及一种与香猪产仔数相关的FSTL5基因中SV477标记及其检测方法。

背景技术

猪是重要的经济动物，猪繁殖性能的高低直接影响到养殖业的生产效率和经济效益，然而繁殖性状是一个低遗传力的数量性状，主要包括产仔数、产活仔数、初生重、初生窝重、20日龄窝重、断奶头数、断奶重和断奶窝重等指标，如何提高母猪繁殖性能是养猪业健康高效、可持续发展的关键，也是当前遗传育种研究的重点和热点。

繁殖性状是由多个基因共同控制的数量性状，遗传力低，受环境等因素影响较大，常规的选育方法难以取得较大的进展(李庆岗等，2014)。近年来，随着分子生物学的快速发展，DNA标记技术在育种上的应用受到人们重视，通过遗传标记的方法对繁殖性状进行选择成为一个热门技术(侯振平等，2006)。运用分子标记辅助选择需与控制该性状的基因进行定位，将基因定位于数量性状位(Quantitative Trait Locus,QTL)找到相关的候选基因位点(王爱华等，2002)。因此，从分子水平上找到繁殖性状调控基因并将其运用到育种上已成为主流趋势。目前，分子标记及其检测技术已经发展到了第三代，主要以单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism，SNP)、表达序列标签(Expressed sequence Tag，EST)、结构变异(structure variation，SV)为主。

结构变异SV通常是指获得与缺失变异(PAVs presence/absence variants)和拷贝数变异(CNVs，copy numbervariants)，包括缺失、插入、串联重复、倒置等，结构变异的片段长度较大，因此比SNP有更多可遗传核苷酸序列(0.5％-1％：0.1％)(Conrad et al.,2010；Pang et al.,2010)，对基因组和动物性状的影响的权重可能更大，是遗传变异产生的主要原因。

类叶酸5(Follistatin-like 5，FSTL5)是卵泡抑素家族的一个成员，编码生成分泌性糖蛋白。研究显示，这个家庭的成员中FSTL1和FSTL3在发育、动态平衡和先天性疾病中发挥重要作用，且发现FSTL5基因在气味感知方面发挥作用(Masuda et al.,2014)。FSTL5基因中的1个错义突变和CNV的发生可能与产生精神分裂症的有关，并提示FSTL5基因可能在精神分裂症的产生和发展有关(GardeLLa et al.,2017)。FSTL5基因可能对肝癌细胞起抑制作用，抑制肿瘤细胞的增殖与促进细胞的凋亡(Zhang et al.,2015)。本发明所述的结构变异SV477位于FSTL5基因内含子2中，缺失片段大小为477bp，与繁殖相关的QTL性状为乳头数和子宫容量。提示FSTL5基因的结构变化可能与猪的繁殖性状相关。

发明内容

本发明要解决的技术问题是：提供一种与香猪产仔数相关的FSTL5基因中SV477标记及其检测方法。

本发明的技术方案是：一种与香猪产仔数相关的FSTL5基因中SV477标记，是指该结构变异较猪参考基因组(Sscrofa 11.1)缺失477bp，位于类叶酸5基因(Follistatin-like 5，FSTL5)内含子2中，区间为chr8：50916421-50916897。将结构变异SV477存在的两种基因命名为D或I，.三种基因型分别命名为DD、DI和II型，其中II为正常基因型、DD为纯合缺失的基因型、DI为杂合缺失的基因型。