[发明专利]一种区分大白猪和贵州地方猪品种的DKK2基因中结构变异SV91及其检测技术

说明书

本发明公开了一种区分大白猪和贵州地方猪品种的结构变异SV91，其特征在于：结构变异较猪参考基因组(Sscrofa 11.1)插入91bp，位于WNT信号通路抑制因子2基因(Dickkopf WNT Signaling Pathway Inhibitor 2，DKK2)内含子1中，区间为chr8:114875181‑114875271，SV91插入基因定为I，正常不插入的基因定为D。应用本发明所述的检测技术，检测样品的SV91基因型，发现大白猪只存在DI和II两种基因型并以插入的I等位基因为主。

技术领域

本发明涉及家畜分子生物学检测领域，具体来说，涉及一种区分大白猪和贵州地方猪品种的结构变异及其检测技术。

技术背景

我国是世界上猪生产和消费的第一大国，全球一半的猪饲养量和猪肉消耗量均由我国生产(王振华，2013)，我国养猪业的发展在全球养猪业生产中的地位举足轻重(黄俐晔，2015)。我国有着丰富的猪种资源，拥有125个猪品种，其中88个为地方品种(农业部，2012)。产自贵州地区的香猪、柯乐猪、江口萝卜猪等猪品种，都是经过长期的人工选育形成的，具有性成熟早、耐粗饲、适应性强、肉质好等特点(于福清，2012)。但是，由于长期以来单纯追求产量增长，使得中国养猪业“重引进，轻培育”的现象普遍存在，造成地方猪品种混杂，资源严重流失。现今我国85％的地方猪群体数量下降，处于濒危状态和濒临灭绝的有31个品种(农业部，2012)。对于地方猪种所面临的现状，应有计划的加强品种的选育和提高猪品种繁殖性能，保护地方猪种的多样性资源，才能为未来新品种的选育奠定遗传资源基础。

基因组结构变异(SV)是指染色体断裂，并且以异常的方式重新组合连接而产生的，其类型包括基因组水平的片段插入/缺失、重复、倒位和易位，是全基因组范围内的遗传变异，涉及的基因组区域较广泛。近年来研究发现，基因组结构变异除了与疾病发生相关外，还与哺乳动物的许多表型息息相关。通过对5种灵长类动物(包括人)进行比较基因组杂交分析，发现人具有较高的拷贝数扩增，扩增中包含的部分基因与大脑的发育和功能相关(Fortna et al.,2004)。山羊无角间性综合征的发生是由于基因组中11.7kb的缺失，影响PISRT1(PoLLed Intersex Syndrome ReguLated Transcript 1)和FOXL2(Forkhead BoxL2)基因的表达而导致的(PaiLhoux et al.,2001)；甘露糖结合凝集素(Mannose BindingLectin，MBLS)基因中2bp的缺失使得丹麦本土猪和杜洛克猪MBLS基因失去功能(Bergmanet al.,2014)；酪氨酸酶相关蛋白1(Tyrosinase Related Protein 1，TYRP1)基因中6bp的缺失与中国地方猪种棕色皮毛表型相关(Ren et al.,2011)。EVC睫状复合体亚基2(EvcCiLiaryCompLex Subunit 2，EVC2)基因外显子19中2bp的缺失，导致基因的编码序列出现终止密码子，提前终止转录，最终造成灰白牛软骨发育不良性侏儒症的发生(Murgiano etal.,2014)。

本发明所述的结构变异SV91位于WNT信号通路抑制因子2基因(DickkopfWNTSignaling Pathway Inhibitor 2，DKK2)内含子1中，定位于乳头数和黄体数性状的QTL区。DKK2基因表达一种分泌蛋白Dickkopf2，可以作为Wnt/β-catenin信号的激动剂或拮抗剂，并通过与Wnt信号通路相互作用参与胚胎的发育。采用RNA干扰技术使DKK2基因沉默，导致小鼠子宫内膜基质的细胞增殖减少并且凋亡增加(纪红军等，2017)。DKK2基因通过对Wnt/β-catenin信号的降调来影响BMP2基因，从而对成骨细胞的分化造成影响，而有研究表明，小鼠敲除BMP2基因后会由于无法蜕膜而造成不孕(Lee et al.,2007)。提示DKK2基因的结构变化可能与猪的繁殖性状相关。

发明内容

本发明要解决的技术问题是：提供结构变异SV91的检测技术，用于区分大白猪和贵州地方猪品种。