[发明专利]一种与香猪产仔数相关的NELFA基因中SV40分子标记及应用

说明书

本发明公开了提供一种与香猪产仔数相关的NELFA基因中SV40分子标记及应用，其特征在于：SV4结构变异较猪参考基因组(Sscrofa 11.1)缺失40bp，位于NELFA基因的内含子1中，区间为chr8：50916410‑50916886。对香猪繁殖性状和结构的关联分析显示，SV40缺失或正常对其产仔数有显著影响，分析香猪的前3胎产仔数，发现II型所对应的的产仔数最高，产仔数最低的是DD型。

技术领域

本发明涉及动物分子生物学检测领域，具体来说，涉及一种与香猪产仔数相关的SV40标记及其应用技术。

背景技术

猪是非常重要的经济动物，它的数量性状和质量性状如繁殖力、抗病力、肉质、生长和经济性状产仔数等一直备受学者们的关注，驯化过程中，由于环境气候、地理生态、饲养条件和选育方法等不同，造成国内外猪品种在外貌和性能上差异较大，然而我国地方猪极具特色(尚以顺等，2017)。许多欧洲的国家从上世纪起已经开展关于生长速度、繁殖率、瘦肉率等方面的育种工作，所以许多欧洲家猪在这一系列的重要经济性状上得到了较好的改良(Falkenberg H et al， 2008)，同欧洲发达国家比较，我国地方猪品种的改良及选育起步较晚，因为改良猪品种的发展速度较慢，所以贵州保存着丰富的猪品种资源，这些猪品种肉质、抗病能力、耐粗饲、适应性等方面具有突出的优势，但是繁殖率变化大，生长速度较缓慢(张芸等，2007)。如何在未来的猪品种改良和选育研究中，发挥和保持这些地方猪品种的优势、避开劣势是本领域的研究关键点。

二十一世纪以来，伴随生物信息学和生物工程技术的极速发展，高通量测序技术和全基因组芯片技术应用于猪的转录组和基因组水平研究，全基因组水平的甲基化检测、结构变异等研究，使得中外猪品种间的遗传差异等研究和全方位解析地方猪种的遗传特异性成为可能(Jian Y E et al，2017)。

基因组结构变异包括平衡变异和不平衡变异，在变异类型中，结构变异是相当复杂的一种类型。其中平衡变异主要有以下几种类型，分别是：串联重复、缺失、插入、倒置和易位，(Feuk et al.,2006)。对于物种来讲，结构变异会带来巨大的影响，结构变异会导致基因剂量的改变，还可能使得基因本身的破坏和与新基因相融合，迫使基因发生重新排序，从而导致一些疾病的产生，例如：细胞的癌变导致的癌症(Liu et al.,2009)，神经表达相关的基因结构缺失导致精神分裂 (Vacic et al.,2011)；但并非所有的基因组结构变异都是有害的，某些基因组结构变异会对物种适应新的环境产生有利的影响(Iskow et al.,2012)，像这样的结构变异基因，往往是一个猪种进化产生的一个分支点，与物种的进化密切相关(Petrov,2002；OLson,1999)。在1936 年的时候(MuLLer,1936)，摩尔根等人在果蝇的研究中，发现在果蝇中的棒眼基因Bar的复制会形成棒眼果蝇(Bridges,1936)，可能是基因组结构变异最早的记载。随着高通量测序技术的不断发展与完善，当前已经在动物、植物上取得了重大的进展，在动物上，经过基因组重测序对物种进行分析，在牛(Boussaha etal.,2015)、鸡(Kerstens et al.,2011)、鼠(alvarez et al.,2012)、狗(Keane et al.,2014)等动物中，都检测到了大量的结构变异；通过高通量测序也在高粱 (Zhang et al.,2014)、大豆(Shen et al.,2015，)等植物中检测到了大量的结构变异。

NELFA属于负延伸因子家族成员，参与了RNA聚合酶Ⅱ转录延伸的调控，编码的蛋白可以与HLA-A2限制性位点以及肿瘤特异性细胞毒性T淋巴细胞发生反应，为大量癌症患者的特异性免疫治疗提供靶点。胎儿组织中NELFA的表达水平高于成人。本发明所述的结构变异SV40位于NELFA基因内含子1中，缺失片段大小为40bp，定位于黄体数和产活仔数的QTL区域，提示SV40基因的结构变化可能与猪的产仔数相关。

发明内容

本发明要解决的技术问题是：一种与香猪产仔数相关的NELFA 基因中SV40分子标记及应用。