[发明专利]一种用于鉴定香猪品种的结构变异TRO基因中SV108分子标记及其检测技术

说明书

本发明公开了一种用于鉴定香猪品种的结构变异SV108，其特征在于：SV108位于猪参考基因组Sscrofa 11.1的chrx：47770108‑47770216，SV108缺失基因定为D，正常不缺失的基因定为I。应用本发明所述的检测技术，检测样品的SV108基因型，发现香猪包含三种基因型既DD型、DI型和II型，以DD型为主，等为基因频率D为97.1％，对于大白猪和黔北黑猪无纯合缺失型(DD)和杂合型(DI)，只有正常型(II)，等为基因频率D为0％。因此可应用结构变异SV108作为分子标记鉴定香猪品种。

技术领域

本发明涉及动物分子生物学检测领域，具体来说，涉及一种用于鉴定香猪品种的结构变异TRO基因中SV108分子标记及其检测技术。

背景技术

香猪长期在密闭的森林里繁衍生息，逐渐形成近交不退化，基因高度重合的小型猪种，产区分散居住着苗、壮、瑶、水等少数民族，耕地较少，交通不便，农作物以糯谷和粳稻为主，这里生活的群众没有种蔬菜的习惯，野生饲料也比较缺乏，仅生长着野菜、水草等，猪的养殖主要为自繁自育，饲养水平较低，几个村1～2头公猪，由于配种过早，利用过度，以致公猪发育不良，使用一、二年便淘汰，新选的公猪又来自同群，近亲繁殖，长期以来形成了小型猪生存遗传的适应环境。随着人们生活水平的提高，部分消费者对猪肉的品质有了更高的要求。“快大型”的外三元不能满足追求高品质肉质消费者的需求，这给我国许多地方猪种带来危机。利用我国地方猪种肉质好的特性通过与外来猪种杂交生产，而导致消费者无法正确的判断是否为高肉质或者纯种猪种，并且还有可能导致纯种的地方猪种走向稀有。

基因组水平上存在的大于1Kb的DNA片段的插入/缺失、重复、倒位、易位以及DNA拷贝数变异被称为结构变异。目前，在畜禽基因组学研究中，已检测到与表型变异相关的结构变异。结构变异位点TRO-E12-sv108位于TRO基因第12外显子，于chrX：47770108-47770216处缺失108bp。经群体检测，结构变异TRO-E12-sv108在香猪中检测到三种基因型，D等位基因占97.1％，黔北黑猪和大白猪均为II基因型。香猪TRO基因中高频率的外显子12缺失，很有可能影响TRO蛋白的功能，可能与香猪产仔数低有一定的联系。

营养素TRO基因(Trophinin)位于X染色体上，编码膜蛋白，介导滋养层细胞和子宫内膜上皮细胞之间的粘附，TRO蛋白的氨基端位于细胞质。营养素可能通过同源二聚体结合于细胞中，介导人类胚胎植入时顶端细胞的粘附，营养素介导的细胞粘附可激活滋养外胚层细胞的侵袭，然而粘附对母体一侧的影响尚不清楚(Suzuki N,et al.1999)。据报道，TRO基因编码的蛋白在胚胎植入期间参与细胞信号传导，可能在哺乳动物早期胎盘形成过程中起重要作用，还参与癌症的形成(Saburi S,et al.2001)。

发明内容

本发明要解决的技术问题是：一种用于鉴定香猪品种的结构变异TRO基因中SV108分子标记及其检测技术。

本发明的技术方案是：一种用于鉴定香猪的结构变异SV108，位于猪参考基因组Sscrofa11.1的chrX：47770108-47770216位置，结构变异SV108的三种基因型分别命名为DD、DI和II型，其中II为插入型基因型、DD为纯合缺失的基因型、DI为杂合缺失的基因型。

用于检测鉴定香猪品种相关的SV108标记的引物对，所述引物对为：正向引物SV108F：GGTACAGAAGAAAGACCCCAAGGA，反向引物SV108R：GAAACTAGAACTGGTGCTGGCTG。扩增片段的碱基序列分别为SEQ ID No.1，SEQ ID No.2和SEQ ID No.3。

本发明还提供所述结构变异SV108在不同猪品种群体中的检测方法。

所述检测方法包括以下步骤：

(1)提取香猪的基因组DNA；