[发明专利]鉴定白菜与埃塞俄比亚芥种间杂种及后代材料A03和C03染色体分离情况的分子标记

说明书

本发明公开了鉴定白菜与埃塞俄比亚芥种间杂种及追踪其后代材料A03和C03染色体分离情况的分子标记和方法，属于植物遗传育种领域。该标记是一对共显性分子标记，利用该标记鉴定白菜与埃塞俄比亚芥种间杂种的真伪，也可用于鉴定和追踪远缘杂种的自交后代、回交后代、染色体附加系、以及重组分离群体和植株的A03和C03染色体分离情况。

技术领域

本发明涉及遗传育种领域，具体而言，涉及远缘杂种植物鉴定和选育方法。

背景技术

远缘杂交是创制植物新种质、拓展育种资源的重要手段。由于物种生殖隔离，远缘杂交往往需要人工授粉和胚拯救等技术，耗时费力，且需要一定科学训练。在远缘杂交过程中，由于去雄不彻底、雌配子发育成植株，以及其他原因可能造成假杂种植株的产生。因而，远缘杂交获得的植株需要通过分子、细胞学等方法检测是否为真杂种。远缘杂种的自交、回交后代需要通过分子或细胞学方法追踪染色体或染色体片段，用以创制异源多倍体、染色体附加系、导入系等遗传材料。与细胞学方法相比，分子标记具有快速、操作简单、对实验操作者技术要求低、不需要昂贵仪器、可用于大群体筛查等优点。随着测序技术的发展，高通量测序和生物芯片也可以用于远缘杂种的分子检测。但是，由于简单快速和成本低廉等原因，分子标记仍然在远缘杂种快速筛选和大规模群体初筛上具有使用价值。

白菜属于起源于我国的十字花科蔬菜，具有种类多、品质优、产销广的优点。埃塞俄比亚芥是起源于非洲的油料作物，具有优良的抗病、抗逆特性。白菜属于A基因组，埃塞俄比亚芥属于BC基因组；通过远缘杂交合成ABC基因组植物具有重要的农业应用前景。通过杂交后回交转育，将A、B、C基因组间染色体重组，将提高白菜和油菜的遗传多样性和抗病、抗逆潜力。

白菜的A03和埃塞俄比亚芥的C03染色体是部分同源(homeologous)染色体。二者之间既含有部分同源区段，也含有大量物种分化后产生的特异基因。利用白菜的A02和埃塞俄比亚芥的C02染色体在杂交后代中的重组可以获得新的农艺性状，提高蔬菜和油料作物的抗病、抗逆、及营养品质。

发明内容

本发明所要解决的技术问题为：如何提供一种鉴定白菜与埃塞俄比亚芥种间杂种及追踪其后代材料A03和C03染色体分离情况的分子标记、引物及方法。

本发明的技术方案为：

鉴定白菜和埃塞俄比亚芥种间杂种及追踪其后代材料A03和C03染色体分离情况的SSR分子标记，该SSR分子标记由引物C03A扩增得到，引物C03A的前向引物序列为 C03A-F:5’-ATAACGCTGAACTGGCGAAG-3’(SEQ ID No.1)，引物C03A的后向引物序列为C03A-R:5’-TTGATTGTCACACCGGAGAA-3’(SEQ ID No.2)。

该SSR分子标记PCR片段预期长度：160-170bp。真实的，白菜(A)基因组中扩增片段的预期长度为161bp，埃塞俄比亚芥(C)基因组中的扩增片段预期长度为167bp。应当知道，不同品种间SSR重复数可能不同，扩增片段长度在不同品种间可以有差异。

该SSR分子标记在白菜和埃塞俄比亚芥的染色体位置：在白菜(A)基因组中位于A03 染色体0.31Mb处(根据Chiifu白菜V1.0基因组；下载地址： http://brassicadb.org/brad/datasets/pub/BrassicaceaeGenome/Brassica_rapa/V1.0/)，在埃塞俄比亚芥(C)基因组中位于C03染色体0.13Mb处(根据甘蓝Bol_Chromosome_V1.1基因组；下载地址：http://brassicadb.org/brad/datasets/pub/BrassicaceaeGenome/Brassica_oleracea/Bol_Chromosome_ V1.1/)。应当知道，由于不同研究者对染色体的编号可能不同，不同基因组组装版本中该标记位置也可能不同，本专利应当包括检测编号不同但实质等同的染色体及位置。