[发明专利]一种基于测序数据进行SSR分型的方法及系统

权利要求书

1.一种基于测序数据进行SSR分型的方法，其特征在于，包括：

获取待检测的基因序列，及所述基因序列每个检测位点的参考序列，生成配置文件；

将测序得到的测序序列回贴至所述参考序列上，使得所述配置文件转换成按照位点排序的预设格式文件；

对所述预设格式文件按照所述每个检测位点进行拆分，提取所述每个检测位点的测序片段以及所述测序片段对应的比对信息，基于所述测序片段和所述比对信息得到每一条序列对应的SSR分型。

2.根据权利要求1所述的一种基于测序数据进行SSR分型的方法，其特征在于，该方法还包括：

根据不同的所述SSR分型，将所述测序片段进行分类，提取频率最高的序列作为所述SSR分型的高频序列，并对所述高频序列进行变异检测，得到所述高频序列对应的变异位点。

3.根据权利要求1所述的一种基于测序数据进行SSR分型的方法，其特征在于，所述获取待检测的基因序列，及所述基因序列每个检测位点的参考序列，具体包括：

获取所述每个检测位点的参考序列及对应的模体；

设定所述模体的重复次数，根据所述重复次数生成所述参考序列；

对所述参考序列进行索引处理，生成所述配置文件，以供所述基因序列进行下游分析。

4.根据权利要求1所述的一种基于测序数据进行SSR分型的方法，其特征在于，所述将测序得到的测序序列回贴至所述参考序列上，使得所述配置文件转换成按照位点排序的预设格式文件，具体包括：

所述将测序得到的测序序列回贴至所述参考序列上包括序列比对和SSR区域重排；

所述序列比对由预设工具完成，兼容单末端和双末端两种测序方式；

所述SSR区域重排包括将SSR区域的序列进行重排；

基于所述序列比对和所述SSR区域重排，将所述配置文件转换成按照位点排序的所述预设格式文件。

5.根据权利要求1所述的一种基于测序数据进行SSR分型的方法，其特征在于，所述对所述预设格式文件按照所述每个检测位点进行拆分，提取所述每个检测位点的测序片段以及所述测序片段对应的比对信息，基于所述测序片段和所述比对信息得到每一条序列对应的SSR分型，具体包括：

对所述预设格式文件按照所述每个检测位点进行拆分；

提取每个所述测序片段以及所述比对信息；

计算所述比对信息对应序列的起始位置以及比对碱基的长度，得到SSR区域的序列变化结果；

根据所述序列变化结果，分析得到所述SSR分型。

6.根据权利要求1至5任一项所述的一种基于测序数据进行SSR分型的方法，其特征在于，所述预设格式文件包括头文件和比对信息；其中，所述比对信息包括11个域。

7.根据权利要求2所述的一种基于测序数据进行SSR分型的方法，其特征在于，所述对所述高频序列进行变异检测，包括：

利用GATK工具包中的UnifiedGenotyper工具进行所述变异检测。

8.一种基于测序数据进行SSR分型的系统，其特征在于，包括：

获取模块，用于获取待检测的基因序列，及所述基因序列每个检测位点的参考序列，生成配置文件；

测序模块，用于将测序得到的测序序列回贴至所述参考序列上，使得所述配置文件转换成按照位点排序的预设格式文件；

分型模块，用于对所述预设格式文件按照所述每个检测位点进行拆分，提取所述每个检测位点的测序片段以及所述测序片段对应的比对信息，基于所述测序片段和所述比对信息得到每一条序列对应的SSR分型。

9.一种电子设备，包括存储器、处理器及存储在存储器上并可在处理器上运行的计算机程序，其特征在于，所述处理器执行所述程序时实现如权利要求1至7任一项所述一种基于测序数据进行SSR分型的方法的步骤。

10.一种非暂态计算机可读存储介质，其上存储有计算机程序，其特征在于，该计算机程序被处理器执行时实现如权利要求1至7任一项所述一种基于测序数据进行SSR分型的方法的步骤。