[发明专利]一种叶酸代谢相关基因多态性的检测方法

说明书

本发明提供了一种叶酸代谢相关基因多态性的检测方法，包括：提取受试者的基因组DNA；配置单碱基延伸反应体系以及包含基因组DNA的聚合酶链式反应PCR扩增体系；对PCR扩增体系进行扩增反应，再进行消化处理，然后混合消化处理后的体系和单碱基延伸反应体系，并进行延伸反应，最后进行纯化处理；利用液相色谱‑质谱联用仪检测纯化处理后的产物，确定基因组DNA特定SNP位点的基因型；其中，液相色谱‑质谱联用仪的洗脱流动相为含0.5％～5％(v/v)六氟异丙醇和0.03％～0.5％(v/v)三乙胺的蒸馏水，以及含0.5％～5％(v/v)六氟异丙醇和0.03％～0.5％(v/v)三乙胺的甲醇，洗脱方式为梯度洗脱，液相色谱‑质谱联用仪中的质谱仪为TripleTOF系列质谱仪。本方案能够灵敏、简便的对目标基因的SNP位点进行基因分型。

技术领域

本发明涉及生物检测技术领域，特别涉及一种叶酸代谢相关基因多态性的检测方法。

背景技术

叶酸是人体细胞生长、分裂和繁殖过程中必需的物质。研究显示，叶酸在胚胎发育早期出现的两次表观在遗传编程当中起着重要的作用。现已发现叶酸代谢途径的关键酶存在多种基因多态性位点，而这些基因多态性影响着编码酶的活性，导致血清中的叶酸发生改变。

目前，在通过特定的SNP位点检测患者体内叶酸的代谢能力时，通常采用聚合酶链式反应PCR-限制性片段长度多态性分析法进行检测。但该方法检测灵敏度不高且操作步骤繁琐。

发明内容

本发明实施例提供了一种叶酸代谢相关基因多态性的检测方法，能够灵敏、简便的对目标基因的SNP位点进行基因分型。

本发明实施例提供了一种叶酸代谢相关基因多态性的检测方法，包括：

提取受试者的基因组DNA；

配置包含SEQ ID NO.1～SEQ ID NO.3所示的单碱基延伸引物序列的单碱基延伸反应体系，并配置包含SEQ ID NO.4～SEQ ID NO.9所示的特异性扩增引物序列和所述基因组DNA的聚合酶链式反应PCR扩增体系；

顺次对所述PCR扩增体系进行扩增反应；

顺次对扩增反应后的体系进行消化处理；

顺次混合消化处理后的体系和所述单碱基延伸反应体系，获得混合液，并对所述混合液进行延伸反应；

顺次对延伸反应后的体系进行纯化处理；

利用液相色谱-质谱联用仪检测纯化处理后的产物，确定所述基因组DNA特定SNP位点的基因型；

其中，所述液相色谱-质谱联用仪的洗脱流动相为含0.5％～5％(v/v)六氟异丙醇和0.03％～0.5％(v/v)三乙胺的蒸馏水，以及含0.5％～5％(v/v)六氟异丙醇和0.03％～0.5％(v/v)三乙胺的甲醇，洗脱方式为梯度洗脱，所述液相色谱-质谱联用仪中的质谱仪为TripleTOF系列质谱仪。

优选地，

所述液相色谱-质谱联用仪中，

高效液相色谱仪的梯度洗脱包括：0～0.5min，2％B相；0.5～2min，2％～20％B相；2～6.5min，20％～25％B相；6.5～7min，25％-90％B相；7～8min，90％B相；8～8.1min，90％～2％B相；8.1～10min，2％B相，其中，B相为含0.5％～5％(v/v)六氟异丙醇和0.03％～0.5％(v/v)三乙胺的甲醇，A相为含0.5％～5％(v/v)六氟异丙醇和0.03％～0.5％(v/v)三乙胺的蒸馏水。

优选地，

所述高效液相色谱仪的色谱条件包括：

C18反相色谱柱，所述C18反相色谱柱的柱温为：40～70℃，进样量为：10～50μl。