[发明专利]与中国家马矮小性状相关的SNP标记及其应用

说明书

本发明涉及与中国家马矮小性状相关的SNP分子标记，所述SNP分子标记位于SEQ ID NO.1所示序列的第501位，多态性为G/A，对应于马第8号染色体第18205998碱基对。本发明的与中国家马矮小性状相关的SNP标记及其应用具有如下优点：(1)该分子标记不受中国家马的年龄、性别等限制，可用于中国家马的早期选育，甚至刚出生即可进行准确地筛选，可显著促进中国家马优势矮马品种的育种进程；(2)检出中国家马TBX3基因单核苷酸多态性的方法准确可靠，操作简便；(3)中国家马TBX3基因的SNP位点的检出，为中国家马的身高大小的标记辅助选择及马的育种工作提供了科学依据。

技术领域

本发明属于遗传生物学领域，具体涉及与中国家马矮小性状相关的SNP标记及其应用。

背景技术

SNP单核苷酸多态性位点主要是指在基因组脱氧核酸(DNA)序列上由单个脱氧核苷酸的变异所引起的DNA片段的多态性。SNP的多态性仅涉及到单个碱基的变异，表现的形式有替换、插入和缺失等。

SNP的检测方法，目前常用的包括，sanger测序、DNA芯片、飞行时间质谱、以及最新的高通量二代测序等技术。SNP作为遗传标记已经广泛地应用于基因定位、克隆、遗传育种以及遗传多样性等研究领域。

转录因子TBX3(T-Box transcription factor 3)是调控生长发育关键基因之一，它广泛的存在于胚胎组织中，在胚胎干细胞、心脏传导系统的发育中起重要作用。它的缺失或突变会引起尺骨-乳腺综合症。在中国德保矮马、伊犁马和蒙古马群体中进行全基因组关联分析和全基因组选择信号筛选，发现TBX3基因座位的多态性变异对中国家马的体尺性状的影响达到显著水平。

矮马个体矮小而灵活，脾气温顺，特别适合作为青少年马术教学用马。随着青少年马术俱乐部在全国各地的快速发展，矮马在文化教育产业的经济前景不可估量，然而，目前国内马术俱乐部全部依赖进口矮马，每匹引入成本约5万元人民币。然而国产矮马由于选育程度低，育种标记缺乏，开发利用程度低，都导致了我国矮马资源优势无法转化为经济优势。目前国外已经通过全基因组扫描定位到HMGA2等影响矮马体尺性状的基因位点，然而前期研究也表明国内外矮马具有各自独立的形成机制，因此，有必要开发国内矮马特异的分子标记，应用于国内矮马的选育。

发明内容

本发明的第一个目的是提供一种辅助鉴定中国家马矮小性状的SNP标记及其应用。

本发明的另一个目的是提供用于检测与中国家马矮小性状相关的SNP标记的引物及含有该引物的试剂盒。

为了实现本发明的第一个目的，本发明提供了一种与中国家马矮小性状相关的SNP标记，所述SNP标记位于马第8号染色体第18205998碱基对(gi 194246389:18205498-18206498Equus caballus isolate Twilight breed thoroughbred chromosome 8,EquCab2.0,whole genome shotgun sequence)。

发明人对来自不同地区和品种的中国家马马匹进行了大量的基因型与身高表型相关性研究，发现本发明所提供的SNP位点与家马身高显著关联(卡方检验P值2.2e-16)。等位基因A在矮马中的频率高达64.07％，而在普通马中等位基因G的频率为82.14％。基因型AA在矮马中频率为65.95％，在普通马中为17.85％，基因型为AA的马匹的平均身高显著矮于基因型为GG的马匹(卡方检验P值2.2e-16)，对于通过基因型区分和筛选出矮小性状的中国家马具有较大的指导意义，当中国家马的基因型为AA时可以判定马匹具有矮小性状，当中国家马的基因型为GG为时可以判定马匹具有高大性状，可以提高家马身高筛选的准确率和效率。

本发明中，对矮马身高的界定与国际上通行的对矮马的身高界定相同，即马背的高度低于106厘米的属于矮马，高于或等于106厘米的属于高马。