[发明专利]基于SNP分析的缺失型β地中海贫血检测引物、试剂盒及应用

说明书

本发明公开一种基于SNP分析的缺失型β地中海贫血检测引物、试剂盒及应用。该检测引物的序列如SEQ ID NO.1～14所示。本发明提供检测试剂盒，包括前述引物。该检测引物涉及6个SNP位点，对待检样本进行PCR扩增后，根据样本SNP基因型的杂合型存在与否判断是否发生了β‑珠蛋白基因簇缺失型突变。若实验结果显示样本的6个SNP中存在杂合型位点，则可以排除9种β‑珠蛋白基因簇缺失型突变。反之，若6个SNP位点分型检测结果都是纯合型，则该样本很有可能发生了β‑珠蛋白基因簇缺失突变而导致杂合性丢失，提示需做进一步临床检测。本发明提供的检测引物及试剂盒对SNP的分型检测操作简便，成本低廉。

技术领域

本发明属于基因工程技术领域，具体涉及一种基于SNP分析的缺失型β地中海贫血检测引物、试剂盒 及应用。

背景技术

地中海贫血是最常见的单基因遗传疾病之一，常见的地贫种类有α-地贫和β-地贫，分别由α-珠蛋白基 因簇和β-珠蛋白基因簇异常表达引起。主要分布于东南亚地区，据估计全球约1.5％的人口(80至9000万 人)是地中海贫血携带者，每年至少有6万多新生儿受到严重影响，在发展中国家占绝大多数。在我国长 江以南地区是地贫的高发区，主要是广西，广东，海南三省。目前对本病尚无有效的治疗方法，重型α地 贫患儿在出生的24－48小时之内死亡，而且产妇因胎儿水肿、大胎盘，极易导致死产；重型β地贫患者 在出生后半年起始出现进行性贫血，只能靠输血维持生命，多在童年夭折。这已成为一个重大的公共卫生 问题，造成了巨大的经济负担，影响社会发展。

β-地贫主要是由β-珠蛋白基因的点突变引起，也有少部分是由β-珠蛋白基因簇的大片段缺失所致。β- 珠蛋白基因簇位于11号染色体上，包括5个功能基因和1个假基因。基因排列顺序从5'到3'分别是： ε(HBE1)、^Gγ(HBG2)、^Aγ(HBG1)、ψβ(HBBP1)、δ(HBD)和β(HBB)(图1、表1)。我国目前已报道了中国 人群的β珠蛋白基因簇的11种大片段缺失，包括Chinese ^Gγ(^Aγδβ)⁰-Thal缺失，Yunnanese缺失，Cantonese 缺失，Taiwanese缺失，(SEA)-HPFH缺失，Chinese ^Gγ(^Aγδβ)⁰-Thal-2缺失，HPFH-6缺失，Filipino del缺失， β118k del缺失，β21.9k del缺失和β7.3k del缺失(图1、表2)。目前国内对于地贫的基因检测产品通常只 限于α-地贫的常见三种缺失与点突变，和β地贫的常见17个位点的点突变的检测，不能检测β珠蛋白基 因簇的缺失型突变。实验室诊断HPHF和δβ地贫主要依赖血液学分析，这需要综合多项RBC和Hb指标 才能作出诊断，且常难确诊。对于单纯携带缺失型β地贫基因的患者而言，其血液学表现特点及分子病理 基础，在常规血液学筛查与基因检测中往往被漏诊，这类患者当其与β地贫携带者结合时，则可导致中度 和重度β-地贫患儿的出生。

表1β-珠蛋白基因簇

表2中国人群β-珠蛋白基因簇11种缺失型突变