[发明专利]利用线粒体DNA控制区进行黄鲫遗传学分析的方法

说明书

本发明提供一种利用线粒体DNA控制区进行黄鲫遗传学分析的方法，属于基因工程技术领域，包括如下步骤：在黄鲫肌肉组织样本中加入裂解液进行裂解，然后分离上清液，获得线粒体基因组DNA；将线粒体基因组DNA进行靶序列的筛查；从筛查结果进行黄鲫遗传学分析；其中，裂解液为包含NaOH、Tris‑HCl、EDTA、甘氨胆酸钠和二巯基丙醇的水溶液；靶序列包括线粒体DNA控制区中的整体或部分。本发明能够能够简便快速地获得高质量、高纯度、可作为扩增模板的线粒体基因组DNA，且得率高，然后利用黄鲫线粒体DNA控制区对黄鲫遗传信息和遗传多样性进行分析，方法快速准确且简单实用。

技术领域

本发明属于基因工程技术领域，具体涉及一种利用线粒体DNA控制区进行黄鲫遗传学分析的方法。

背景技术

分子标记一般指的是DNA标记，是以个体间遗传物质内核苷酸序列变异为基础的遗传标记，目前已广泛应用于海洋生物的遗传学研究。鱼类线粒体DNA(MitochondrialDNA,mtDNA)因为具有结构简单、严格的母系遗传、缺少重组等特点而成为重要的分子标记。线粒体DNA控制区(Control region,CR,又称D-loop区)位于线粒体DNA中一段非编码区中tRNA Pro和t RNA Phe基因之间，结构略为复杂，进化速率快，容易积累较多的变异(如碱基的替换、插入和缺失等)，被广泛应用于种内分子遗传学研究。即便线粒体DNA D-loop区是线粒体DNA变异最大的区段，但同样存在相对保守的片段。从组成上将控制区可分为3个区段：即终止序列区(extended termination associated sequences，ETAS)、中央保守区(central conserved domain，CD)和保守序列区(conserved sequence blocks，CSBs)。其中保守序列区和中央保守区较为保守，而突变往往发生在终止序列区这一区段。保守序列区存在CSB-F、CSB-E、CSB-D、CSB-1、CSB-2、CSB-3等多个保守片段，这些片段在许多线粒体DNA中都是高度保守的，暂时还没有发现有突变现象，目前在有关基因功能方面无证据可以验证其功能。目前已分析研究了多种鱼类的线粒体DNA控制区结构，并总结归纳出控制区各保守片段的普遍形式。在部分鱼类线粒体DNA控制区中亦发现长度多态性现象，控制区长度多态性可能应用于种内或种间群体学研究。

黄鲫(Setipinna tenuifilis)隶属鲱形目(Clupeiformes)、鳀科(Engraulididae)、黄鲫属，广泛分布于印度洋西部和西北太平洋海域，中国沿海各海域均有分布。黄鲫为近海中下层鱼类，喜栖息于泥沙底、水流较缓的海区。黄鲫是一种小型经济鱼类。20世纪80年代以来，随着小黄鱼、蓝点马鲛、带鱼等传统经济鱼类资源量下降，黄鲫的捕获量逐年增加。由于捕捞压力过大，黄鲫资源量已呈现下降趋势。所以，如何对黄鲫资源进行合理的开发利用，并进行科学的资源保护和修复工作，已成为亟待解决的问题。而利用线粒体DNA控制区序列对不同黄鲫群体的遗传差异和分化程度进行研究，为黄鲫资源的合理利用和科学保护，提供重要的理论依据。

发明内容

本发明的一个目的在于提供一种快速准确且简单实用的利用线粒体DNA控制区进行黄鲫遗传学分析的方法，该检测方法能够能够简便快速地获得高质量、高纯度、可作为扩增模板的线粒体基因组DNA，且得率高。

本发明为实现上述目的所采取的技术方案为：利用线粒体DNA控制区进行黄鲫遗传学分析的方法，包括如下步骤：

在黄鲫肌肉组织样本中加入裂解液进行裂解，然后分离上清液，获得线粒体基因组DNA；

将线粒体基因组DNA进行靶序列的筛查；

从筛查结果进行黄鲫遗传学分析；