[发明专利]基于高通量测序的褐菖鲉SNP检测方法

说明书

本发明提供一种基于高通量测序的褐菖鲉SNP检测方法，属于基因工程技术领域，包括如下步骤：提取褐菖鲉基因组DNA；将基因组DNA酶切，酶切液中加入Adapter接头进行接头连接；将接头连接获得的不同样品DNA片段混合，进行PCR扩增，然后将产物进行测序；将测序得到的原始数据分选聚类，按样品个体进行数据质控并删除Adapter接头序列，将序列比对到参考基因组上，提取SNP位点，筛选用于群体遗传结构分析的SNP位点。本发明SNP检测方法能够减少DNA降解且提高DNA纯度，技术稳定、重复性高、能够在降低成本的情况下大量开发基因组分子标记，该检测方法。

技术领域

本发明属于基因工程技术领域，具体涉及一种基于高通量测序的褐菖鲉SNP检测方法。

背景技术

单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)是指在DNA序列上因单个核苷酸的变异而引起的多态性，包括置换、颠换、插入或缺失引起的多态现象，是基因组中最丰富和最常见的可遗传变异。SNP标记具有数据量大、覆盖度高、分型效率高等特点。SNP广泛分布在基因组编码区和非编码区，借助高通量测序技术能够在低成本的情况下开发得到数以万计的标记位点。随着测序技术的发展和测序成本的降低，SNP标记已经成为群体遗传、基因分型和物种鉴定的主要标记方法。基因分型测序技术(genotyping-by-sequencing,GBS)是一种低成本的简化基因组测序技术(reduced-representationsequencing)，能够在基因组范围内开发大量SNP标记用于基因分型。由于不依赖参考基因组、测序流程简单、测序成本低等特点，GBS技术已广泛应用于非模式生物分子标记开发、遗传图谱绘制、关联分析和群体基因组学等研究。利用基因分型测序技术来进行高通量的SNP检测是目前的研究热点之一。

褐菖鲉(Sebastiscus marmoratus)属鲉形目(Scorpaeniformes)、鲉科(Scorpaenidae)、菖鲉属，俗名石头鲈，虎头鱼等，系中国近海习见的暖温性底层鱼类，广泛分布于中国、日本、朝鲜及菲律宾沿海。褐菖鲉为卵胎生、定居性鱼类，常栖息于近岸岩礁海区，随季节变化做有规律的短距离迁移，但是短距离迁移可能促进遗传跨区域分化，而目前的关于褐菖鲉的遗传标记信息较少，这可能会给今后褐菖鲉的开发和保护带来风险，最终影响褐菖鲉渔业资源的合理开发利用。基于上述原因，有必要提供一种新的开发褐菖鲉基因组SNP位点的分析方法，在降低成本的前提下开发大量分子标记，为后续基因分型和遗传学研究提供便利。

发明内容

本发明的一个目的在于提供一种技术稳定、重复性高、能够在降低成本的情况下大量开发基因组分子标记的基于高通量测序的褐菖鲉SNP检测方法，该检测方法能够减少DNA降解且提高DNA纯度。

本发明为实现上述目的所采取的技术方案为：基于高通量测序的褐菖鲉SNP检测方法，包括如下步骤：

提取褐菖鲉基因组DNA；

将基因组DNA酶切，酶切液中加入Adapter接头进行接头连接；

将接头连接获得的不同样品DNA片段混合，进行PCR扩增，然后将产物进行测序；

将测序得到的原始数据分选聚类，按样品个体进行数据质控并删除Adapter接头序列，将序列比对到参考基因组上，提取SNP位点，筛选用于群体遗传结构分析的SNP位点。

本发明SNP检测方法在褐菖鲉基因组水平上开发，覆盖基因组编码区和非编码区，能够在基因组范围内开发大量SNPs用于基因分型，而使用酶切的基因分型测序技术大大降低了开发成本，开发得到的SNPs可应用于研究褐菖鲉的的种质资源评估、遗传多样性和种群遗传结构监测等研究，对褐菖鲉资源的合理开发利用和管理保护提供重要的科学指导。该SNP检测方法技术稳定，重复性高。

优选的，提取褐菖鲉基因组DNA的具体步骤为：

用生理盐水或者磷酸盐缓冲液清洗褐菖鲉肌肉组织样本，得待裂解样本；