[发明专利]一种用于鉴定优质糯稻单倍型的基因标记组合及其应用在审
| 申请号： | 201910955496.0 | 申请日： | 2019-10-09 |
| 公开（公告）号： | CN110699476A | 公开（公告）日： | 2020-01-17 |
| 发明（设计）人： | 向珣朝;许亮;游慧;张鸥玲 | 申请（专利权）人： | 西南科技大学 |
| 主分类号： | C12Q1/6895 | 分类号： | C12Q1/6895;C12N15/11 |
| 代理公司： | 11246 北京众合诚成知识产权代理有限公司 | 代理人： | 马超前 |
| 地址： | 621010 四*** | 国省代码： | 四川;51 |
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| 摘要： | |||
| 搜索关键词： | 基因标记 糯稻 单倍型 引物 标记辅助育种 基因组DNA 电泳 糯稻品种 可用 扩增 酶切 水稻 应用 | ||
1.一种用于鉴定优质糯稻单倍型的基因标记组合，其特征在于，所述的基因标记包括Wx-ex10引物、SSII-3M1引物和SSIIIa-CAPS引物，其中，所述的Wx-ex10引物如SEQ ID NO.1～2所示，所述的SSII-3M1引物如SEQ ID NO.3～4所示，所述的SSIIIa-CAPS引物如SEQ IDNO.5～6所示。
2.一种鉴定优质糯稻单倍型的方法，其特征在于，包括以下步骤：
1)以待检测糯稻基因组DNA为模板，分别以Wx-ex10、SSII-3M1和SSIIIa-CAPS引物进行PCR扩增；
2)Wx-ex10和SSIIIa-CAPS扩增产物分别用ApaI和MluCI内切酶消化；
3)内切酶消化产物和SSII-3M1扩增产物分别进行电泳，以鉴定待测糯稻的基因型。
3.根据权利要求2所述的一种鉴定优质糯稻单倍型的方法，其特征在于，所述的PCR扩增体系为10μL：1μL 10×PCR reaction buffer，1μL 1.5mmol/L MgCl2，1μL 2.5mmol/LdNTP，0.1μLTaq DNA聚合酶(5U/μL)，1μL 1μmol/L上下游引物，4.9μLddH2O。
4.根据权利要求2所述的一种鉴定优质糯稻单倍型的方法，其特征在于，所述的酶切体系为10μL：扩增产物5μL，1μL的10×buffer，0.3μL的限制性内切酶(10U/μL)和补足的ddH2O。
5.根据权利要求2所述的一种鉴定优质糯稻单倍型的方法，其特征在于，对于Wx-ex10消化产物，如果有424bp和321bp两条带，则该基因第10外显子SNP为C，如果仅有745bp一条带，则其SNP为T；对于SSIIIa-CAPS消化产物，如果有99bp和183bp两条带，则该基因第5内含子SNP为A，如果仅有282bp一条带，则其SNP为G；对于SSII-3M1扩增产物，如果扩增的为短片段，则FNP为TT，如果扩增的为长片段，则FNP为GC。
6.权利要求1所述的基因标记组合在鉴定优质糯稻品种以及水稻标记辅助育种中的应用。
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