[发明专利]一种用于鉴定优质糯稻单倍型的基因标记组合及其应用

说明书

本发明公开了一种用于鉴定优质糯稻单倍型的基因标记组合及其应用，所述的基因标记包括Wx‑ex10、SSII‑3M1和SSIIIa‑CAPS，其中，所述的Wx‑ex10引物如SEQ ID NO.1～2所示，所述的SSII‑3M1引物如SEQ ID NO.3～4所示，所述的SSIIIa‑CAPS引物如SEQ ID NO.5～6所示。所述的基因标记通过对待测糯稻基因组DNA进行扩增，经酶切后电泳，即鉴定优质糯稻单倍型。同时该基因标记组合可用于鉴定优质糯稻品种以及水稻标记辅助育种。

技术领域

本发明属于生物技术领域，具体涉及一种用于鉴定优质糯稻单倍型的基因标记组合及其应用。

背景技术

稻米品质的评价一般从碾磨品质、外观品质、营养品质和蒸煮食味品质(ECQs)四个方面进行，而ECQs是最重要的一个性状，包括直链淀粉含量(AC)、胶稠度(GC)和糊化温度(GT)等3个指标。根据GB/T17891-1999优质稻谷标准，糯稻的品质评价主要是AC和GC，没有GT要求。在农业部部颁标准NYT593-2013中，重新要求优质籼糯稻碱消值≥5.0，粳糯稻碱消值≥6.0。现有研究显示Wx不仅调控AC的高低而且也调控GC的软硬。糯稻是由于显性Wx基因第二外显子23bp的插入而提早出现终止子，因而突变为隐性基因以至没有颗粒结合型淀粉合成酶产生，也就没有直链淀粉合成。但是，糯稻资源的研究结果显示糯稻的GC变化范围非常大。SSIIa(SSII-3)是控制糯稻淀粉GT和回生特性最主要的基因。SSIII-2(SSIIIa)是调控长支链淀粉合成的重要基因，其酶蛋白将链长延长到DP15–20。

糯米作为我国食品工业最重要的原料之一，其品质已经影响到糯米制品加工业的快速发展。非糯水稻Wx基因的Ex10C/T SNP显著影响GC的大小，有C的稻米样品表现软的GC和高回生特征，糯稻同样存在很大的GC遗传变异，糯稻wx的Ex10C/T SNP是否还调控GC或者糯稻的GC是由哪个基因调控，目前无相关文献报道。在GB/T17891-1999和NYT593-2013中，GC一直是糯稻ECQs评价的重要指标之一，现有的遗传研究结果无法阐明其机理，势必无法准确预判杂交后代群体的基因型，给糯稻优质新品种选育带来困惑。另一方面，非糯水稻中Wx对SSIII-2具有显性上位性，因此，在糯稻wx遗传背景下，Wx的显性上位性效益解除，SSIII-2对糯稻ECQs是否有显著影响，但目前无相关报道。一般淀粉中高比例的长支链淀粉和高GT，如果与高比例的短支链淀粉和低GT相比，会有显著高的水解抗性，前者产生较少RS，显示有较高的回生特性。目前对糯稻品质调控的研究忽视了可溶性淀粉合成酶系中SSIII-2的表达对糯稻品质的重要作用，必然使优质糯稻选育事倍功半，无法实现对后代群体的准确预测。

发明内容

本发明的目的旨在提供一种用于鉴定优质糯稻单倍型的基因标记组合及其应用。

本发明具体通过以下技术方案实现：

一种用于鉴定优质糯稻单倍型的基因标记组合，所述的基因标记包括Wx-ex10、SSII-3M1和SSIIIa-CAPS，其中，所述的Wx-ex10引物如SEQ ID NO.1～2所示，所述的SSII-3M1引物如SEQ ID NO.3～4所示，所述的SSIIIa-CAPS引物如SEQ ID NO.5～6所示。

在本发明的另一方面，提供一种鉴定优质糯稻单倍型的方法，包括以下步骤：

1)以待检测糯稻基因组DNA为模板，分别以Wx-ex10、SSII-3M1和SSIIIa-CAPS引物进行PCR扩增；

2)Wx-ex10和SSIIIa-CAPS扩增产物分别用ApaI和MluCI内切酶消化；

3)内切酶消化产物和SSII-3M1扩增产物分别进行电泳，以鉴定待测糯稻的基因型。