[发明专利]用于单细胞DNA测序文库质量鉴定的引物对组合、方法和试剂盒有效
申请号: | 201910978670.3 | 申请日: | 2019-10-15 |
公开(公告)号: | CN112662748B | 公开(公告)日: | 2023-02-17 |
发明(设计)人: | 温冬;黄凯 | 申请(专利权)人: | 骏实生物科技(上海)有限公司;上海普恩海汇医学检验所有限公司 |
主分类号: | C12Q1/6869 | 分类号: | C12Q1/6869;C12N15/11 |
代理公司: | 上海一平知识产权代理有限公司 31266 | 代理人: | 崔佳佳;马莉华 |
地址: | 201108 *** | 国省代码: | 上海;31 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 用于 单细胞 dna 序文 质量 鉴定 引物 组合 方法 试剂盒 | ||
1.一种引物对的组合,所述引物对的组合是以下引物对:
SCQ_1F:CTGTGCCCTTGGAGAAGCTCAAGT;
SCQ_1R:TGCTAGAAGCACCAGAGCCACAAG;
SCQ_2F:CGGACATGACGGTGTTCAGCGGC;
SCQ_2R:GATCGTCCAGCTTCACCTCGCCG;
SCQ_3F:CGACAATAAGCCAGTGGAGCTCCA;
SCQ_3R:CGTTGTTTCCAGGTCACTGCCACT;
SCQ_5F:GTGAACGGCAGATCGTAGCCAGC;
SCQ_5R:CATTTACTTGCAGGGGCAACTCAA;
SCQ_7F:TACAGACTCCCCATCCCAAGACCC;
SCQ_7R:GCAGAGGCGTACAGGGATAGCACA;
SCQ_8F:GAAGGCCACTTTGCTGGTAGCACC;
SCQ_8R:TGGATAGTCCCATGCCCTTCTCTC;
SCQ_9F:ATTCAGAGGCCAGTCAACGACATG;
SCQ_9R:GCCCTGCCCACTTGTACAGTGAG;
SCQ_11F:AATACTCGCGCTACCTGCCAGCCC;
SCQ_11R:AACCTGCATCCGGACTTGGTGCTG;
SCQ_12F:AAGGCAGCAGCAAGCATTCCTGGG;
SCQ_12R:TTGGCTGCAACTGAAGGCTCCAGG;
SCQ_13F:TAGGGACCTGTTGCTGCCTTACAT;
SCQ_13R:CGTGCCTAGACGCTGACCATTCCC;
SCQ_20F:ACAGGGACCTTCAGTTGGAGCTGA;
SCQ_20R:GCCCGTCGGTATAAGGATGATCTA;
SCQ_XF:AGTCAGCTTCGTTTTAGGCGTACA;
SCQ_XR:CCTGATGGTGTTGGGGAATCCTCC。
2.一种用于人单细胞DNA测序文库质量鉴定的试剂盒,所述试剂盒装有权利要求1所述的引物对的组合;以及利用所述引物对的组合进行人单细胞DNA测序文库质量鉴定的使用说明书。
3.一种进行人单细胞DNA测序文库质量鉴定的方法,所述方法包括以下步骤:
1) 利用权利要求1所述的引物对的组合或权利要求2所述的试剂盒对人单细胞DNA测序文库、阳性对照和阴性对照进行荧光定量PCR;
2) 利用步骤1)得到的荧光定量PCR结果评估人单细胞DNA测序文库质量;
步骤2)包括:
根据各引物对的扩增CT值、融解曲线峰形,以及Tm值是否在阳性对照Tm值±0.5的范围内判断是否为扩增阳性,引物的扩增CT值<30,融解曲线峰形单一,且Tm值=阳性对照Tm值±0.5,即为扩增阳性;
根据荧光定量PCR扩增阳性率评估基因组完整性,其中阳性率 = 有效扩增引物数/总引物数,阳性率越高,人单细胞DNA测序文库基因组完整性越高;和
根据阳性扩增各引物对的扩增CT值计算变异系数CV评估文库均一性,CV值表示为标准差与平均数的比值,CV值越小,文库均一性越好。
4.权利要求1所述的引物对的组合在制备用于人单细胞DNA测序文库质量鉴定的试剂盒或试剂中的用途;
所述人单细胞DNA测序文库质量鉴定是指评估单细胞DNA测序文库基因组完整性及均一性。
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