[发明专利]用于单细胞DNA测序文库质量鉴定的引物对组合、方法和试剂盒有效

专利信息
申请号: 201910978670.3 申请日: 2019-10-15
公开(公告)号: CN112662748B 公开(公告)日: 2023-02-17
发明(设计)人: 温冬;黄凯 申请(专利权)人: 骏实生物科技(上海)有限公司;上海普恩海汇医学检验所有限公司
主分类号: C12Q1/6869 分类号: C12Q1/6869;C12N15/11
代理公司: 上海一平知识产权代理有限公司 31266 代理人: 崔佳佳;马莉华
地址: 201108 *** 国省代码: 上海;31
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摘要:
搜索关键词: 用于 单细胞 dna 序文 质量 鉴定 引物 组合 方法 试剂盒
【权利要求书】:

1.一种引物对的组合,所述引物对的组合是以下引物对:

SCQ_1F:CTGTGCCCTTGGAGAAGCTCAAGT;

SCQ_1R:TGCTAGAAGCACCAGAGCCACAAG;

SCQ_2F:CGGACATGACGGTGTTCAGCGGC;

SCQ_2R:GATCGTCCAGCTTCACCTCGCCG;

SCQ_3F:CGACAATAAGCCAGTGGAGCTCCA;

SCQ_3R:CGTTGTTTCCAGGTCACTGCCACT;

SCQ_5F:GTGAACGGCAGATCGTAGCCAGC;

SCQ_5R:CATTTACTTGCAGGGGCAACTCAA;

SCQ_7F:TACAGACTCCCCATCCCAAGACCC;

SCQ_7R:GCAGAGGCGTACAGGGATAGCACA;

SCQ_8F:GAAGGCCACTTTGCTGGTAGCACC;

SCQ_8R:TGGATAGTCCCATGCCCTTCTCTC;

SCQ_9F:ATTCAGAGGCCAGTCAACGACATG;

SCQ_9R:GCCCTGCCCACTTGTACAGTGAG;

SCQ_11F:AATACTCGCGCTACCTGCCAGCCC;

SCQ_11R:AACCTGCATCCGGACTTGGTGCTG;

SCQ_12F:AAGGCAGCAGCAAGCATTCCTGGG;

SCQ_12R:TTGGCTGCAACTGAAGGCTCCAGG;

SCQ_13F:TAGGGACCTGTTGCTGCCTTACAT;

SCQ_13R:CGTGCCTAGACGCTGACCATTCCC;

SCQ_20F:ACAGGGACCTTCAGTTGGAGCTGA;

SCQ_20R:GCCCGTCGGTATAAGGATGATCTA;

SCQ_XF:AGTCAGCTTCGTTTTAGGCGTACA;

SCQ_XR:CCTGATGGTGTTGGGGAATCCTCC。

2.一种用于人单细胞DNA测序文库质量鉴定的试剂盒,所述试剂盒装有权利要求1所述的引物对的组合;以及利用所述引物对的组合进行人单细胞DNA测序文库质量鉴定的使用说明书。

3.一种进行人单细胞DNA测序文库质量鉴定的方法,所述方法包括以下步骤:

1) 利用权利要求1所述的引物对的组合或权利要求2所述的试剂盒对人单细胞DNA测序文库、阳性对照和阴性对照进行荧光定量PCR;

2) 利用步骤1)得到的荧光定量PCR结果评估人单细胞DNA测序文库质量;

步骤2)包括:

根据各引物对的扩增CT值、融解曲线峰形,以及Tm值是否在阳性对照Tm值±0.5的范围内判断是否为扩增阳性,引物的扩增CT值<30,融解曲线峰形单一,且Tm值=阳性对照Tm值±0.5,即为扩增阳性;

根据荧光定量PCR扩增阳性率评估基因组完整性,其中阳性率 = 有效扩增引物数/总引物数,阳性率越高,人单细胞DNA测序文库基因组完整性越高;和

根据阳性扩增各引物对的扩增CT值计算变异系数CV评估文库均一性,CV值表示为标准差与平均数的比值,CV值越小,文库均一性越好。

4.权利要求1所述的引物对的组合在制备用于人单细胞DNA测序文库质量鉴定的试剂盒或试剂中的用途;

所述人单细胞DNA测序文库质量鉴定是指评估单细胞DNA测序文库基因组完整性及均一性。

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