[发明专利]针对NOTCH通路蛋白的SRM/MRM分析

说明书

本发明属于癌症治疗领域，公开了一种测定福尔马林固定组织的生物样品中蛋白质水平的方法。具体地，本发明提供了使用质谱检测和定量生物样品中DLL1、DLL3、JAG1、JAG2、Notch1、Notch2、Notch3、Notch4和/或DLL4蛋白的方法，其中所述生物样品例如福尔马林固定的石蜡包埋的组织样品。另外，还提供了基于生物样品中DLL1、DLL3、JAG1、JAG2、Notch1、Notch2、Notch3、Notch4和/或DLL4蛋白的水平治疗癌症的方法。本发明的方法可用于为例如癌症治疗作出更好的治疗决策。

相关申请的交叉引用

本申请要求于2018年10月30日提交的美国临时专利申请62/752,842的优先权，该申请通过引用将其全部纳入本申请。

背景技术

Notch信号通路在一些正常组织和各种癌症中驱动干细胞的增殖、分化、凋亡、细胞命运和维持。Notch信号通路在胚胎发育期间最活跃。Notch信号的异常激活在多种肿瘤类型中被描述，并且激活的Notch通路蛋白与癌症进展和治疗抗性相关。

DLL1(也称为δ样蛋白1)是δ/锯齿蛋白家族的成员。它在造血过程中发挥着调节细胞命运决定的作用，并且可能在细胞间通讯中起作用。DLL1在许多癌症中过表达，并且针对DLL1功能的抑制剂正在开发用于癌症治疗。因此，能够定量肿瘤细胞中DLL1蛋白的分析方法用作癌症治疗方案的一部分是有用的，特别是，有关DLL1表达水平的信息可用于选择特定的治疗方法。

DLL3(也称为Delta-like3)，其通常在神经发育的特定时间在胎儿脑中表达。在此期间，它通过与Notch和DLL1相互作用并将它们分别重新定向或保留至晚期内涵体/溶酶体室或高尔基体，从而阻止它们定位至细胞表面，进而抑制顺式和反式Notch通路激活。此外，DLL3是几种Notch配体之一，它们似乎是ASCL1蛋白的直接下游靶点。同时，这些观察结果提示DLL3可能与神经内分泌表型有关，并有助于神经内分泌肿瘤发生。已经开发了许多DLL3抑制剂，并且正在测试它们用于治疗神经内分泌肿瘤。DLL3蛋白的表达模式与肿瘤的鉴定和癌症治疗手段的选择有关，包括高级别肺神经内分泌肿瘤、小细胞肺癌(SCLC)和大细胞神经内分泌癌(LCNEC)的诊断和治疗。因此，能够定量肿瘤细胞中DLL3蛋白的分析方法用作癌症治疗方案的一部分是有用的，特别是，关于DLL3表达水平的信息可用于选择特定的治疗方法。

JAG1(也称为Jagged1)是与哺乳动物Notch信号传导通路中的受体相互作用的细胞表面蛋白(配体)。Notch信号传导通路是高度保守的通路，其功能是在许多器官系统中建立和调节细胞命运决定。一旦JAG1-NOTCH(受体-配体)发生相互作用，则触发蛋白水解性裂解的级联反应，导致下游靶基因的转录激活，从而启动和促进癌症过程。已经开发了防止JAG1和其Notch受体之间相互作用的癌症治疗剂，因此，能够定量肿瘤细胞中的JAG1蛋白的测定方法可以用于选择癌症治疗的方法。

JAG2(也称为Jagged2)是与哺乳动物Notch信号传导通路中的受体相互作用的细胞表面蛋白(配体)。JAG2最熟知的功能是与Notch2受体相互作用以激活Notch信号传导通路，其可导致癌症过程的起始和进展。已经开发了阻止JAG2和Notch2受体之间的相互作用的癌症治疗剂，因此，可以定量肿瘤细胞中的JAG2蛋白的测定方法可以用于选择癌症治疗的方法。