[发明专利]一种茶树炭疽病菌Colletotrichum siamense的检测方法

说明书

本发明涉及一种茶树炭疽病菌Colletotrichum siamense的检测方法，将提取茶树叶片基因组DNA，分别用上述CsiaGAPDH‑F/CsiaGAPDH‑R和CsiaGAPDH‑F和CsiaGAPDH‑R通过荧光定量PCR的方法扩增基因组DNA，得到扩增Ct值，计算2^‑ΔCt值，获得2^‑ΔCt(CcGAPDH)和2^‑ΔCt(CsiaGAPDH)的比值，根据比值的大小来比较该病原菌发病的程度。本发明可以检测和监控产茶区Colletotrichum siamense的发生、扩展和流行，并广泛用于茶树品种的抗性筛选，以及判定不同病原菌的致病性差异，尤其是其采用病原菌的序列跟寄主植物的序列比对，更能随着时间的变化监控病原菌的发展。

技术领域

本发明属于分子生物学领域，具体涉及一种茶树炭疽病菌Colletotrichumsiamense的检测方法，应用在茶树炭疽病菌Colletotrichum siamense的早期诊断、病菌的监测和鉴定中，尤其适用于茶树抗性品种的鉴定和病原菌致病力的评价。

背景技术

茶，山茶科山茶属植物，分布于中国长江以南各省的山区，茶按制作工序分为绿茶、白茶、红茶等六大类。茶叶可作饮品，含有多种有益成分，并有保健功效。炭疽菌分布广泛，寄主繁多，是植物病害中重要病原之一。它危害果树、蔬菜、药用植物、花卉和大田作物等的果实、茎、叶和幼苗，引起烂果、枝枯、叶斑、死苗等。茶树炭疽菌是茶树的主要病害之一。Colletotrichum siamense最初是从泰国的咖啡果中分离出来的，在中国引起茶树炭疽病，严重危害茶叶的品质和产量。

目前，关于病原菌致病性分析以及度量茶树品种抗病性依赖于侵染叶片后利用叶片感染部位的损伤大小来量化。上述方法的缺点是不能敏锐地检测致病过程中的微小变化，也不能准确定量侵染早期病原菌的生长。

发明内容

本发明提供一种编码Colletotrichum siamense GAPDH的基因，其核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，序列长度为73bp，命名为CsiaGAPDH，Colletotrichum siamense GAPDH蛋白属于3-磷酸甘油醛脱氢酶。

本发明提供一种扩增所述的Colletotrichum siamense GAPDH基因的特异性引物，命名为CsiaGAPDH-F和CsiaGAPDH-R，其核苷酸序列分别如SEQ ID NO.2、SEQ ID NO.3所示。

本发明还提供一种从茶树中克隆得到18SrDNA的核苷酸序列如SEQ ID NO.4所示，命名为Cs18SrDNA1，序列长度为162bp。

本发明还提供一种扩增所述的18SrDNA特异性引物，命名为Cs18SrDNA1-F和Cs18SrDNA1-R，其核苷酸序列分别如SEQ ID NO.5、SEQ ID NO.6所示。

本发明还提供一种茶树炭疽病菌Colletotrichum siamense的检测方法，具体步骤如下：

步骤一、提取茶树叶片的基因组DNA，所述的茶树叶片为发病叶片或不发病叶片；

步骤二、用所述的引物CsiaGAPDH-F和CsiaGAPDH-R通过荧光定量PCR的方法扩增步骤一中得到的基因组DNA，得到Ct值，计算2^-ΔCt值；

步骤三、用所述的引物Cs18SrDNA1-F和Cs18SrDNA1-R通过荧光定量PCR的方法扩增步骤一中得到的基因组DNA，得到Ct值，计算2^-ΔCt值；