[发明专利]circRNA在系统性红斑狼疮病变免疫异常检测方法在审
申请号: | 201911112185.4 | 申请日: | 2019-11-14 |
公开(公告)号: | CN111378740A | 公开(公告)日: | 2020-07-07 |
发明(设计)人: | 赵兴旺;倪兵;游弋;郭俊恺;张龙龙;葛兰;王娟;王春又;赵承磊;刘文英;吴奇俊;高翠娥;宋志强 | 申请(专利权)人: | 中国人民解放军陆军军医大学第一附属医院 |
主分类号: | C12Q1/6883 | 分类号: | C12Q1/6883;G16B20/00 |
代理公司: | 重庆市信立达专利代理事务所(普通合伙) 50230 | 代理人: | 包晓静 |
地址: | 400038 重*** | 国省代码: | 重庆;50 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | circrna 系统性红斑狼疮 病变 免疫 异常 检测 方法 | ||
1.一种circRNA在系统性红斑狼疮病变免疫异常检测方法,其特征在于,所述circRNA在系统性红斑狼疮病变免疫异常检测方法包括以下步骤:
第一步,收集外周血单个核细胞PBMCs标本,将样本通过RNA-seq测序技术,从全基因表达谱的角度对基因表达情况进行了全方位的检测分析;
第二步,挑选出20个存在显著性差异的基因,上调10个,下调10个;
第三步,基circRNA参与转录后调控,使用circmiR1.0软件对候选基因进行匹配分析,将所有存在靶向结合的miRNA挑选出来;
第四步,通过对靶向结合的miRNA归纳总结,结合典型文献报道筛选出SLE当中具有代表的miRNA;
第五步,验证circRNA吸附miRNA调控下游靶基因和信号通路的表型影响;
第六步,分别从circRNA吸附miRNA结合的蛋白复合物互作及调控的转录因子角度对所述靶基因和信号通路进行机制研究。
2.如权利要求1所述的circRNA在系统性红斑狼疮病变免疫异常检测方法,其特征在于,所述circRNA在系统性红斑狼疮病变免疫异常检测方法收集外周血PBMCs提取RNA,使用RNaseR处理排除线性RNA干扰,逆转录cDNA,qPCR检测circRNAs表达,并对产物进行sangersequencing验证。
3.如权利要求1所述的circRNA在系统性红斑狼疮病变免疫异常检测方法,其特征在于,所述circRNA在系统性红斑狼疮病变免疫异常检测方法收集外周血PBMCs,进行培养,细胞爬片,然后利用设计好的探针进行FISH验证确定其亚细胞定位。
4.如权利要求1所述的circRNA在系统性红斑狼疮病变免疫异常检测方法,其特征在于,所述circRNA在系统性红斑狼疮病变免疫异常检测方法FISH及荧光素酶活性分析circLOC101928570可作为miRNAs的海绵通过对靶向结合的miRNA进行归纳总结,并筛选出SLE当中具有代表的miRNA;然后通过FISH及荧光报告实验进行后续互作;通过软件比对分析显示circGARS与miR-19a-5p可能存在结合,进行FISH验证;
circGARS与miR-19a-5p两者共定位于细胞质,结合前期生信分析SLE发病相关信号通路,初步得出circGARS潜在信号轴即为:circGARS通过吸附miR-19a-5p调节泛素-编辑酶A20负反馈调节激活NFKB通路介导SLE免疫炎症反应;
circGARS与Ago2存在潜在结合:通过RIP-qPCR实验验证circGARS与Ago2存在结合。
5.如权利要求1所述的circRNA在系统性红斑狼疮病变免疫异常检测方法,其特征在于,所述circRNA在系统性红斑狼疮病变免疫异常检测方法利用3D计算机circ-GARS与Ago2的帽子结构m7GPPPN存在结合,帽子结构是指在真核生物中转录后修饰形成的成熟mRNA在5'端的一个特殊结构,即m7GPPPN结构,又称为甲基鸟苷帽子;mRNA5’-端帽子结构是mRNA翻译起始的必要结构,对核糖体对mRNA的识别提供了信号,协助核糖体与mRNA结合,使翻译从AUG开始。
6.如权利要求1所述的circRNA在系统性红斑狼疮病变免疫异常检测方法,其特征在于,所述circRNA在系统性红斑狼疮病变免疫异常检测方法circGARS通过吸附miR-19a-5p调节泛素-编辑酶A20负反馈调节激活NFKB通路介导SLE免疫炎症反应。
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