[发明专利]基于二代测序血液样本的微卫星不稳定检测方法和装置

权利要求书

1.一种基于二代测序血液样本的微卫星不稳定检测方法，其特征在于，所述方法包括：

获取同一受检个体的待测血液样本和对照样本的目标区域捕获二代测序数据；

从所述待测血液样本和对照样本的基因组中找到微卫星位点；

过滤掉覆盖度低于设定的覆盖度阈值的微卫星位点以及比对质量低于设定的比对质量阈值的微卫星位点；

统计待测血液样本和对照样本中过滤后保留的每个微卫星位点的不同重复次数以及各重复次数的支持测序序列数，并进行标准化，获得待测血液样本的每个微卫星位点的各重复次数标准化结果和对照样本的每个微卫星位点的各重复次数标准化结果；

计算所述待测血液样本的每个微卫星位点的各重复次数标准化结果与所述对照样本的相对应的微卫星位点的相同重复次数的标准化结果的差值的绝对值并求各绝对值之和，作为待测血液样本的每个微卫星位点的微卫星不稳定性；

计算所有微卫星位点的微卫星不稳定性的平均值作为待测血液样本的微卫星不稳定性，并根据设定的微卫星不稳定性阈值将等于或高于阈值的待测血液样本判定为微卫星不稳定，低于阈值的待测血液样本判定为微卫星稳定。

2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述微卫星位点包括单碱基/多碱基重复次数在5-15之间的重复序列。

3.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述设定的覆盖度阈值是150；所述设定的比对质量阈值是50。

4.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述设定的微卫星不稳定性阈值为20%。

5.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述方法还包括：所述待测血液样本的微卫星不稳定性低于微卫星不稳定性阈值时，计算待测血液样本中的体细胞突变的突变频率平均值，作为肿瘤纯度；将肿瘤纯度低于设定的肿瘤纯度阈值的待测血液样本判断为可能的微卫星稳定假阴性以进一步验证。

6.根据权利要求5所述的方法，其特征在于，所述肿瘤纯度阈值为1%。

7.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述方法还包括：所述待测血液样本的微卫星不稳定性等于或高于微卫星不稳定性阈值时，根据体细胞突变个数确定待测血液样本中的肿瘤突变负荷；将肿瘤突变负荷低于肿瘤突变负荷阈值的待测血液样本判断为可能的微卫星不稳定假阳性以进一步验证。

8.根据权利要求7所述的方法，其特征在于，所述肿瘤突变负荷阈值为10。

9.一种基于二代测序血液样本的微卫星不稳定检测装置，其特征在于，所述装置包括：

数据获取单元，用于获取同一受检个体的待测血液样本和对照样本的目标区域捕获二代测序数据；

微卫星位点寻找单元，用于从所述待测血液样本和对照样本的基因组中找到微卫星位点；

微卫星位点过滤单元，用于过滤掉覆盖度低于设定的覆盖度阈值的微卫星位点以及比对质量低于设定的比对质量阈值的微卫星位点；

标准化处理单元，用于统计待测血液样本和对照样本中过滤后保留的每个微卫星位点的不同重复次数以及各重复次数的支持测序序列数，并进行标准化，获得待测血液样本的每个微卫星位点的各重复次数标准化结果和对照样本的每个微卫星位点的各重复次数标准化结果；

位点不稳定性计算单元，用于计算所述待测血液样本的每个微卫星位点的各重复次数标准化结果与所述对照样本的相对应的微卫星位点的相同重复次数的标准化结果的差值的绝对值并求各绝对值之和，作为待测血液样本的每个微卫星位点的微卫星不稳定性；

样本不稳定性计算单元，用于计算所有微卫星位点的微卫星不稳定性的平均值作为待测血液样本的微卫星不稳定性，并根据设定的微卫星不稳定性阈值将等于或高于阈值的待测血液样本判定为微卫星不稳定，低于阈值的待测血液样本判定为微卫星稳定。

10.一种计算机可读存储介质，其特征在于，包括程序，所述程序能够被处理器执行以实现如权利要求1-8中任一项所述的方法。