[发明专利]基于二代测序血液样本的微卫星不稳定检测方法和装置

说明书

一种基于二代测序血液样本的微卫星不稳定检测方法和装置，其中方法包括：获取待测血液样本和对照样本的目标区域捕获二代测序数据；从基因组中找到微卫星位点；过滤掉覆盖度低于设定的覆盖度阈值的微卫星位点以及比对质量低于设定的比对质量阈值的微卫星位点；统计微卫星位点的各重复次数以及相应支持测序序列数；对各重复次数以及相应支持测序序列数进行标准化；计算每个微卫星位点上待测血液样本与对照样本各重复次数标准化结果的差值的绝对值并求各绝对值之和，作为每个微卫星位点的微卫星不稳定性；计算所有微卫星位点的微卫星不稳定性的平均值作为样本的微卫星不稳定性。本发明解决了无法获取组织的情况下难以检测微卫星不稳定的问题。

技术领域

本发明涉及生物信息学技术领域，具体涉及一种基于二代测序血液样本的微卫星不稳定检测方法和装置。

背景技术

癌症是全球最主要的非传染性疾病之一，也是死亡率很高的一种病种，在我国，每年有接近430万人被诊断为癌症，有超过280万人死于癌症。

抗肿瘤靶向药物和免疫检查点抑制剂是目前治疗癌症较为有效的手段，目前比较公认的免疫检查点抑制剂PD-1疗效评估潜在指标是MSI(微卫星不稳定)，MSI的计算是基于肿瘤中的串联重复序列在体细胞相对于血液白细胞对照的分布情况。一般临床上建议这些药物在用于肿瘤治疗前进行基因检测以确定是否适合用药，以及用哪种药物。

目前常见的检测MSI的方法都在组织中实现。有PCR法直接检测少数微卫星位点稳定情况，IHC法检测错配修复基因的表达情况间接得到微卫星稳定性。也有二代测序的方法检测微卫星稳定情况，该方法类似PCR法，不过检测的微卫星位点多于PCR法，准确性得到提升。

然而，以上方法都是基于可以获取患者组织样本的情况下进行的，如果无法获得患者组织样本，就不能检测微卫星不稳定情况。如果强行检测血液DNA，可能会由于血液样本中肿瘤纯度较低而无法区分稳定/不稳定情况。

发明内容

本发明的目的在于提供一种基于二代测序血液样本的微卫星不稳定检测方法和装置，解决了无法获取组织的情况下难以检测微卫星不稳定的问题。

根据第一方面，一种实施例中提供一种基于二代测序血液样本的微卫星不稳定检测方法，包括：

获取同一受检个体的待测血液样本和对照样本的目标区域捕获二代测序数据；

从上述待测血液样本和对照样本的基因组中找到微卫星位点；

过滤掉覆盖度低于设定的覆盖度阈值的微卫星位点以及比对质量低于设定的比对质量阈值的微卫星位点；

统计待测血液样本和对照样本中过滤后保留的每个微卫星位点的不同重复次数以及各重复次数的支持测序序列数，并进行标准化，获得待测血液样本的每个微卫星位点的各重复次数标准化结果和对照样本的每个微卫星位点的各重复次数标准化结果；

计算上述待测血液样本的每个微卫星位点的各重复次数标准化结果与上述对照样本的相对应的微卫星位点的相同重复次数的标准化结果的差值的绝对值并求各绝对值之和，作为待测血液样本的每个微卫星位点的微卫星不稳定性；

计算所有微卫星位点的微卫星不稳定性的平均值作为待测血液样本的微卫星不稳定性，并根据设定的微卫星不稳定性阈值将等于或高于阈值的待测血液样本判定为微卫星不稳定，低于阈值的待测血液样本判定为微卫星稳定。

在优选实施例中，上述微卫星位点包括单碱基/多碱基重复次数在5-15之间的重复序列。

在优选实施例中，上述设定的覆盖度阈值是150；上述设定的比对质量阈值是50。

在优选实施例中，上述设定的微卫星不稳定性阈值为20％。