[发明专利]用于杂交莲瓣兰EST-SSR标记的引物组及筛选方法

说明书

本发明公开了一种用于杂交莲瓣兰EST‑SSR标记的引物组，所述的引物组包括4对引物，所述引物的核苷酸序列如序列表SED ID NO.1～SED ID NO.8所示；本发明还公开了用于杂交莲瓣兰EST‑SSR标记的引物组的筛选方法，通过本发明方法获得的用于杂交莲瓣兰EST‑SSR标记的引物组具有多态性丰富、扩增稳定、便于统计的优点，可以用于杂交莲瓣兰植物品种的种质资源遗传多样性分析、分子标记辅助育种以及相关的分子研究。

技术领域

本发明属于分子标记技术领域，具体涉及一种用于杂交莲瓣兰EST-SSR标记的引物组及筛选方法。

背景技术

SSR(Simple Sequence Repeats)标记是近年来发展起来的一种以特异引物PCR为基础的分子标记技术，也称为微卫星DNA(MicrosatelliteDNA)，是一类由几个核苷酸(一般为1～6个)为重复单位组成的长达几十个核苷酸的串联重复序列，每个SSR两侧的序列一般是相对保守的单拷贝序列。与其它分子标记相比，SSR标记具有以下优点：(1)数量丰富，覆盖整个基因组，揭示的多态性高；(2)具有多等位基因的特性，提供的信息量高；(3)以孟德尔方式遗传，呈共显性；(4)每个位点由设计的引物顺序决定，便于不同的实验室相互交流合作开发引物。

EST(Expressed sequence tags)是指通过对cDNA文库随机挑取的克隆进行大规模测序所获得的cDNA的5'或3'端序列，长度一般在150～500bp。这些已测序得到的EST都被提交到在线的生物数据库中，可以从公共数据库中共享这些EST序列，从中经电子筛选鉴别出SSR，并进一步开发成EST-SSR分子标记。利用EST开发的分子标记比起一般的分子标记如RFLP、RAPD、AFLP和gSSR等具有较高的信息量、通用性好、开发简单，快捷，费用低等优点。近年来，随着EST计划在不同物种件的扩展和研究内容的深入，在很多有重要经济价值的植物和模式植物中都积累了大量的EST，快速增长的EST数据为SSR标记的开发提供了丰富的来源，在大麦、黑麦、甘蔗、小麦、水稻、猕猴桃、葡萄、棉花、云杉、杏树、苜蓿等多种植物中都建立了EST-SSR标记，但是目前未见有研究基于莲瓣兰与其它兰花品种杂交得到的杂交莲瓣兰品种的EST-SSR标记，所以利用杂交莲瓣兰植物品种的基因数据信息开发EST-SSR引物，将会对杂交莲瓣兰植物品种的遗传多态性等研究起到推动作用。

发明内容

针对上述不足，本发明公开了一种用于杂交莲瓣兰EST-SSR标记的引物组及筛选方法，可以快速筛选出用于杂交莲瓣兰EST-SSR标记的引物，并且所得到的引物具有多态性丰富、扩增稳定、便于统计的优点。

本发明是采用如下技术方案实现的：

用于杂交莲瓣兰EST-SSR标记的引物组，其包括以下引物对中的任意一项或多项组合：

引物对A，其上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示为CATCATGGTTTGACTGACGG，其下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示为TCAGAAACTGTATTCCCGCC；

引物对B，其上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示为CACTTCGGATTCATTCATGG，其下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.4所示为GACGACTGGCTGATACGGTT；

引物对C，其上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.5所示为GACACTTCACCCTCCTCAGC，其下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.6所示为GGTGGAAATGGAAAGCGTTA；

引物对D，其上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.7所示为CCACACTAAGCCCAACCCTA，其下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.8所示为CAGATCACTGCTATCGGCAA。

上述用于杂交莲瓣兰EST-SSR标记的引物组的筛选方法，其包括如下步骤：