[发明专利]单增李斯特菌血清型特异性SNP的挖掘方法及其应用

权利要求书

1.一种单增李斯特菌血清型特异性SNP的挖掘方法，其特征在于包括如下步骤：

(1)首先从NCBI的biosample模块下载已知血清型的单增李斯特菌基因组207个，所有下载的基因组均为fasta格式，在每个基因组信息中标注血清型和编号，然后将所有207个基因组写入到一个fasta格式的文件，称为genemos；

所述的已知血清型的单增李斯特菌基因组207个包括77个1/2a型，3个3a型，6个1/2c型，1个3c，58个1/2b型，1个3b型，1个7型，57个4b型，2个4a，1个4c；

(2)以单增李斯特标准菌株EGD-e的全部CDS与genemos做本地blast，即调用blastn，参数为e10^-200，并以outform-6形式输出，输出文件的第二列为带有血清型标签和编号的基因组名，第五列为不匹配碱基数，blastn的结果会依照序列匹配度由高到低排列，结合该两列信息初步筛选含有某种类型SNP的备选基因；

(3)以备选基因序列与genemos做本地blast，即调用blastn，参数为e10^-200，以blastn的默认格式输出，输出结果包含了备选基因在所有含有该备选基因的基因组中的序列，将所有基因组中匹配上的条带完整截取下来，并与基因组名一一对应，以fasta格式按照blastn输出结果的顺序将所有序列一并写入到文件a中；

(4)用MEGA软件打开文件a，MEGA软件会以四种不同的颜色显示A、T、C、G四种碱基，结合血清型标签及编号，即能找到血清型特异性SNP及碱基类型；

其中，仅灵敏度及特异性超过85％的SNP位点作为备选靶点。

2.单增李斯特菌血清型特异性SNP，其特征在于：所述SNP如表1所示：

表1具有分型潜力的备选靶点

3.用于单增李斯特菌血清型多重PCR分型的引物组，其特征在于包括：

(1)扩增单增李斯特菌的特异性基因的引物对；

(2)扩增血清族Ⅰ和Ⅱ所共有基因的SNP位点的特异性引物组；其中，所述的血清族Ⅰ和Ⅱ所共有基因含有多个血清族Ⅰ和Ⅱ差异碱基，且在同一血清族中碱基类型高度保守；所述特异性引物组包括血清族Ⅰ引物F-Lm1、血清族Ⅱ引物F-Lm2和共用下游反向引物R-1-2；其中，血清族Ⅰ包括1/2b、3b、7、4b、4d，血清族Ⅱ包括1/2a、3a、1/2c、3c；

(3)扩增基因中含有一个1/2c-3c型SNP且含多个1/2b-3b-7型SNP的特异性引物组；所述特异性引物组包括血清型1/2c-3c引物R-1/2c，血清型1/2b引物R-1/2b和共用上游正向引物F-c-b。

4.根据权利要求3所述的用于单增李斯特菌血清型多重PCR分型的引物组，其特征在于：步骤(1)中所述的单增李斯特菌的特异性基因为prfA基因；

步骤(2)中所述的血清族Ⅰ和Ⅱ所共有基因为Lmo1441、Lmo2772、Lmo2672、Lmo2043、Lmo0897或Lmo0948；

步骤(3)中所述的基因为Lmo1076、Lmo1078或Lmo1188。