[发明专利]rRNA捕获探针及其应用

说明书

本发明实施例公开了一种rRNA捕获探针及其应用方法。其中，所述rRNA捕获探针选自如下三组探针序列中的一种或者多种：5SrRNA探针序列组包括：SEQ ID No.1和SEQ ID No.2；16SrRNA探针序列组包括：SEQ ID No.3至SEQ ID No.24；23SrRNA探针序列组包括：SEQ ID No.25至SEQ ID No.76。以该捕获探针为基础，可以有效去除转录产物中90％以上的核糖体RNA序列，克服了原核生物mRNA不含polyA尾巴，无法通过oligo dT富集分离的技术难题，极大的节省了测序数据量和成本。

技术领域

本发明涉及生物工程技术领域，尤其涉及一种rRNA捕获探针及其应用。

背景技术

核糖体RNA(rRNA)是细胞内含量最高的一类RNA，占胞内所有RNA总量的80％以上。其与蛋白质结合形成核糖体，在mRNA的序列引导下转运特定的氨基酸合成蛋白质肽链。

在原核生物中，核糖体RNA主要分为5S rRNA(约120nt)、16S rRNA(约1540nt)和23S rRNA(约2900nt)三大类，真核生物主要分为5S rRNA(约120nt)、5.8S rRNA(约160nt)、18S rRNA(约1900nt)和28S(约4700nt)rRNA。

由于核糖体RNA的占比含量极高，在总RNA测序研究其它功能性RNA的表达丰度、修饰状态等，核糖体RNA将侵占大量的可用数据，如何在检测前针对不同物种有效的去除核糖体RNA，或精准分离目标类型RNA进行相应检测，已成为“转录组学”研究和“表观转录组学”研究样本前期制备的核心技术问题。

在实现本发明过程中，发明人发现相关技术存在以下问题：在真核生物中通常会利用oligo dT磁珠钓取含有poly A尾巴的总mRNA，然后通过文库构建进行高通量测序分析细胞或组织mRNA的表达情况。

但原核生物的mRNA含量极低，约占总RNA的2％-5％左右。而且，绝大多数原核生物mRNA都不存在3’端的poly(A)结构。因此，对原核生物的mRNA分离并进行检测非常困难。

发明内容

针对上述技术问题，本发明实施例提供了一种rRNA捕获探针及其应用，以解决现有rRNA去除方法中存在的一种或者多种的问题。

本发明实施例的第一方面提供一种蓝细菌的rRNA捕获探针。其中，所述rRNA捕获探针由如下三组rRNA捕获探针混合后制成；其中，5SrRNA探针序列组由SEQ ID No.1和SEQID No.2组成；16SrRNA探针序列组由SEQ IDNo.3至SEQ ID No.24组成；23SrRNA探针序列组由SEQ ID No.25至SEQ IDNo.76组成，每条rRNA捕获探针的长度范围为30bp-120bp；相邻的rRNA捕获探针之间的长度间距小于30bp。

可选地，所述rRNA捕获探针还包括生物素标记。

本发明实施例的第二方面提供一种全转录组测序检测方法。其中，所述方法包括应用如上所述的rRNA捕获探针捕获并去除样本总RNA中的rRNA。

本发明实施例的第三方面提供了一种RNA修饰的高通量检测方法。其中，所述方法包括应用如上所述的rRNA捕获探针捕获并去除样本总RNA中的rRNA。

可选地，每种rRNA捕获探针的摩尔浓度为0.1uM-1uM；所述样本总RNA的投入量为50ug-10ng，浓度大于等于5ng/uL。

可选地，每种所述rRNA捕获探针的摩尔浓度为0.5uM。

可选地，所述通过所述rRNA捕获探针捕获并去除样本总RNA中的rRNA，具体包括：

在杂交缓冲体系中，将所述rRNA捕获探针与所述样本总RNA进行杂交，形成DNA-RNA杂合链；