[发明专利]基于高通量测序的蕨麻根际微生物多样性及菌群解析方法

权利要求书

1.一种基于高通量测序的蕨麻根际微生物多样性及菌群解析方法，其特征在于，包括以下步骤：

S1.采集高原蕨麻在根区外土壤及根际土壤；

S2.分别从两种样品土壤中提取微生物总DNA，然后PCR扩增DNA中16SrDNA；

S3.对扩增产物质量鉴定，并将不同样品PCR扩增产物按等质量进行混合；

S4.对混合文库进行片段大小和定量检测，并高通量测序；

S5.准确测定各样品土壤微生物群落组成，进行生物信息学分析：

(1)分别收集根区外土壤及根际土壤的生物信息数据；

(2)对比根区外土壤及根际土壤中的菌种所属类群：

菌种属于相同类群：根区外土壤中提取的微生物基因序列所属的微生物类群占根区外土壤中提取的微生物基因序列所属的微生物总类群的比例为X_{i，i＝1,2,3...}，根际土壤中提取的微生物基因序列所属的微生物类群占根际土壤中提取的微生物基因序列所属的微生物总类群的比例为Y_{j，j＝1,2,3...}；其中，i＝j＝第i种类群；

菌种属于不同类群：根际土壤中提取的微生物基因序列所属的微生物类群占根际土壤中提取的微生物基因序列所属的微生物总类群Z_{k，k＝1,2,3...}；其中，k为第k种类群；

(3)蕨麻根际微生物多样性指标由下式得到：

蕨麻根际微生物多样性＝lg(∑(|Xi-Yj|+Zk),i,j,k＝1,2,3...)。

2.根据权利要求1所述的基于高通量测序的蕨麻根际微生物多样性及菌群解析方法，其特征在于，所述根区外土壤由以下方式获得：先选取蕨麻植株旁的土壤，除去地面杂草和枯枝落叶，铲除土壤表面1-2cm的表土，采集土壤，于-80℃保存。

3.根据权利要求1所述的基于高通量测序的蕨麻根际微生物多样性及菌群解析方法，其特征在于，所述根际土壤由以下方式获得：先选取生长良好的成熟期蕨麻植株，除去地面杂草和枯枝落叶，铲除土壤表面1-2cm的表土，然后将蕨麻植株连根从土中取出，用捋取法取下紧粘于蕨麻根的根际土壤，混合均匀并去除根毛，并于-80℃保存。

4.根据权利要求1所述的基于高通量测序的蕨麻根际微生物多样性及菌群解析方法，其特征在于：所述的高通量测序是在Illumina Miseq平台上，以PE300模式做16S rDNA的V5-V7高变区片段的高通量测序，每个土壤样品DNA至少产出4万条以上有效CONNECT TAG，然后聚类成可操作分类学单元。

5.根据权利要求1所述的基于高通量测序的蕨麻根际微生物多样性及菌群解析方法，其特征在于：所述蕨麻根际微生物多样性指标数值在0-2之间。