[发明专利]全基因组甲基化非重亚硫酸氢盐测序文库及构建在审
申请号: | 201911159400.6 | 申请日: | 2019-11-22 |
公开(公告)号: | CN110820050A | 公开(公告)日: | 2020-02-21 |
发明(设计)人: | 张燕艳;杨玲;管彦芳;姬利延;贾明玺;张珍 | 申请(专利权)人: | 北京吉因加科技有限公司;苏州吉因加生物医学工程有限公司 |
主分类号: | C40B40/06 | 分类号: | C40B40/06;C40B50/06;C12Q1/6858 |
代理公司: | 北京三聚阳光知识产权代理有限公司 11250 | 代理人: | 谢楠 |
地址: | 102200 北京市昌平区中关村科技园区昌平园*** | 国省代码: | 北京;11 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 基因组 甲基化 亚硫酸 氢盐测 序文 构建 | ||
1.一种DNA甲基化转化试剂盒,其特征在于,包括TET酶反应液,所述TET酶反应液包括如下独立包装的组分:TET酶氧化缓冲液;所述TET酶氧化缓冲液包括如下微摩尔份的组分:HEPES或Tris–Cl(20-167)×103份,NaCl(100-333)×103份,α-KG或2-oxoglutarate 3.3×103份,抗坏血酸6.67×103份,和三磷酸腺苷4×103份;所述TET酶氧化缓冲液pH=8.0。
2.根据权利要求1所述的试剂盒,其特征在于,所述TET酶反应液还包括独立包装的Fe(NH4)2(SO4)2溶液,所述Fe(NH4)2(SO4)2溶液中Fe(NH4)2(SO4)2的浓度为0.75-1.5mM;优选的,所述TET酶反应液还包括独立包装的TET酶液,所述TET酶的浓度为8-10.5μM。
3.根据权利要求1或2所述的试剂盒,其特征在于,还包括独立包装的吡啶硼烷还原剂;优选的,所述吡啶硼烷还原剂包括独立包装的如下组分:吡啶硼烷溶液,吡啶硼烷浓度为10M;和醋酸钠溶液,醋酸钠浓度为3M,pH=4.3。
4.权利要求1-3任一项所述的试剂盒在全基因组甲基化测序、DNA甲基化测序或靶向区域DNA甲基化测序中的用途。
5.一种全基因组甲基化非重亚硫酸氢盐的测序文库构建方法,其特征在于,包括使用权利要求1-3任一项所述的试剂盒进行“C”到“T”的转化。
6.根据权利要求5所述的方法,其特征在于,在TET酶反应液氧化步骤中,将待“C”到“T”转化的文库与所述TET酶反应液混合配制TET酶氧化反应体系,以50μL为计:
DNA文库,30~100ng;
Fe(NH4)2(SO4)2,终浓度95-105μM;
1×TET酶氧化缓冲液,10-20μL;
Tet酶,终浓度0.048-0.06μM;
无酶水补足至50μL。
7.根据权利要求5或6所述的方法,其特征在于,在TET酶反应液氧化步骤中,反应条件为:于37℃,反应1-3h,随后加入蛋白酶K,于37-50℃孵育0.5h-1h;优选的,将使用TET酶反应液氧化后的产物进行吡啶硼烷还原步骤中,将所述产物与吡啶硼烷还原剂混合,于37℃,850rpm下孵育16h-32h。
8.根据权利要求5-7任一项所述的方法,其特征在于,经“C”到“T”转化后的文库进行PCR扩增,所使用的PCR扩增酶包括KAPA HIFI Urail+聚合酶、NEB Q5 Urail酶、Pfu TurboCx Hotstart聚合酶或Taq酶;优选的,经“C”到“T”转化后的文库进行PCR扩增的反应程序为:98℃起始变性45sec;98℃变性15sec,60℃退火30sec,72℃延伸30sec,8个循环;72℃延伸1min;4℃,∞。
9.根据权利要求8所述的方法,其特征在于,将扩增后的文库进行二代测序,测序平台包括但不限于Illumina平台、MGI或者Gene+Seq平台;优选的,所述测序平台为Gene+Seq平台。
10.一种如权利要求4-9任一项所述的方法构建的全基因组甲基化测序文库。
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