[发明专利]一种基于SNP标记鉴定京科糯2000玉米杂交种纯度的方法

权利要求书

1.一种特异性引物组合在鉴定京科糯2000玉米杂交种纯度中的应用，所述特异性引物组合含有4个特异性引物组，所述4个特异性引物组中，每组含有2条上游引物，1条下游引物；4个特异性引物组含有引物的核苷酸序列分别如SEQ ID NO.1-3、SEQ ID NO.4-6、SEQID NO.7-9、SEQ ID NO.10-12所示；所述4个特异性引物组分别扩增4个SNP分子标记，所述4个SNP分子标记为：

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2.一种特异性引物组合在鉴定京科糯2000玉米自交苗、回交苗中的应用，所述特异性引物组合含有3个特异性引物组，所述3个特异性引物组中，每组含有2条上游引物，1条下游引物；3个特异性引物组含有引物的核苷酸序列分别如SEQ ID NO.1-3、SEQ ID NO.4-6、SEQID NO.10-12所示。

3.一种特异性引物组合在京科糯2000玉米异型株鉴定中的应用，所述特异性引物组合含有2条上游引物，1条下游引物；其核苷酸序列分别如SEQ ID NO.7-9所示。

4.一种基于SNP标记鉴定京科糯2000玉米杂交种种子纯度的方法，其特征在于，采用权利要求1所述的应用中述及的特异性引物组合，以待测京科糯2000玉米种子样品的DNA为模板，基于KASP技术进行PCR扩增，根据待测玉米种子样品的基因型，判定所述待测玉米种子样品发育的单株是正常植株、母本自交苗、回交苗、还是异型株，判断标准为：

如果待测单株在SNPCP_1、SNPCP_2、SNPCP_3、SNPCP_4这四个SNP位点的基因型分别为AG、GT、CC、CT，则待测单株为正常京科糯2000的单株；如果待测单株在SNPCP_1、SNPCP_2、SNPCP_4这三个SNP位点的基因型为纯合的母本京糯6基因型，即AA、TT、TT，则待测单株为母本自交苗；如果待测单株在SNPCP_1、SNPCP_2、SNPCP_4这三个SNP位点中的一个或两个的基因型为正常京科糯2000杂合基因型，其余的SNP位点的基因型为母本京糯6纯合基因型，则检测单株为回交苗；如果待测单株在SNPCP_3位点的基因型为杂合基因型或为除CC之外的另一个纯合基因型，则待测单株为异型株；

根据判断结果结合双亲的基因型数据，确定母本自交苗种子数目和杂株种子数目，综合判定种子的纯度；

纯度计算公式：P（%）=[(NT-NP-ND)/ NT]×100%；其中，P为种子纯度；NT为供检种子数目；NP为母本自交苗种子数目；ND为杂株种子数目，所述杂株种子数目为回交苗种子数目和异型株种子数目之和。