[发明专利]一种基于SNP标记鉴定京科糯2000玉米杂交种纯度的方法

说明书

本发明提供了一种基于SNP标记鉴定京科糯2000玉米杂交种纯度的方法，本发明基于384个SNP位点，采取高通量的KASP技术平台，利用500多份样品进行试验效果、生物学特征以及多态参数的综合评估，最终确定高质量、高稳定性、高多态、高杂合率的4个SNP标记，并设计扩增每个SNP标记的3条引物共12条引物，其核苷酸序列分别如SEQ ID NO.1‑12。利用这4对引物组合可以鉴定京科糯2000的种子纯度，能够鉴定出自交苗、回交苗、异型株，本发明拓展了玉米杂交种纯度鉴定标记类型和方法，为京科糯2000的推广种植提供了强有力的技术保障。

技术领域

本发明属于农作物分子生物学技术领域，具体地说，涉及一种基于SNP标记鉴定京科糯2000玉米杂交种纯度的方法。

背景技术

种子是农业的基本生产资料，优良品种的增产潜力，容易受到种子纯度的影响。纯度鉴定，是判定商业化种子质量是否合格的指标之一，也是杜绝假冒伪劣种子流入市场的重要手段，还是种子企业进行产品质量控制的重要途径。建立快速高效、低成本、高通量的种子纯度鉴定方法，十分有利于提高种子质量监测、促进规范化生产经营、保障种业企业和农民的切身利益。

传统的田间鉴定方法，需要观察发育阶段品种的特征特异，存在周期长、工作量大、易受环境影响等缺陷。随着分子生物学技术的发展，基于DNA多态性的分子标记正逐渐成为农作物种子鉴定的有力工具。SNP(single nucleotide polymorphism)标记由于具有共显性、二等位基因变异、易实现高通量检测等特征被认为最适宜用于种子纯度检测的标记之一。

玉米杂交种京科糯2000(京糯6、白糯6)是由北京市农林科学院玉米研究中心选育的优良品种，2006年通过国家审定(国审玉2006063)；具有品质优，产量高，可适应粮、经、饲、果等多用途加工的特点；自审定推广种植以来一直占据全国糯玉米的主导地位。

已报道玉米种子纯度鉴定方法有田间小区种植鉴定、同工酶蛋白电泳、SSR标记的鉴定方法，基于SNP标记的纯度鉴定方法还没有报道。已报道的方法存在鉴定周期长，工作量大，易受环境或发育阶段影响，不易形成高通量检测方法等问题。

发明内容

本发明的目的是提供适用于KASP技术的一种基于SNP标记鉴定京科糯2000玉米杂交种纯度的方法，该方法稳定、结果准确，可高通量鉴定京科糯2000玉米及其杂交种的纯度。

为了实现本发明目的，本发明利用“玉米DNA指纹库及品种分子鉴定SNP核心位点组合-maizeSNP384”(ZL 201410756086.0)专利公布的384个SNP位点作为起始位点集合，并建立了335个玉米国审杂交种SNP-DNA指纹数据。选取192个不同玉米杂交种，采取快速法提取、CTAB、试剂盒、多种方法提取DNA，基于KASP技术体系，利用不同方法提取的DNA验证位点的分型效果、重复性、稳定性，获得候选位点集合。利用200份不同类型玉米自交系，335个玉米杂交种数据，分别评估引物的多态性参数PIC(多态信息指数)、MAF(低等位基因频率)以及DP(品种识别能力)；依据PIC和MAF值大于0.35，DP值大于0.5进一步筛选。利用335份玉米杂交种的指纹数据，分析位点杂合率，杂合率值大于0.45进行筛选。

经过上述多级评估筛选，基于京科糯2000及其双亲的指纹数据，确定了4对适于京科糯2000种子纯度鉴定的引物组合；3对引物的京科糯2000指纹为杂合基因型，双亲为互补的纯合基因型(主要用于鉴定母本自交苗、回交苗)；有1对引物京科糯2000、双亲均为相同的纯合基因型(主要用于鉴定异型株的情况)；上述4对引物结合使用，可相互进行基因型数据和鉴定结果的验证。

基于本发明的研究，本发明提供了一种用于鉴定京科糯2000玉米杂交种纯度的玉米SNP分子标记组合，其特征在于，含有4个SNP分子标记，所述4个SNP分子标记的信息如下表1：

表1