[发明专利]测序内标分子及其制备方法和应用在审
申请号: | 201911191458.9 | 申请日: | 2019-11-28 |
公开(公告)号: | CN111235244A | 公开(公告)日: | 2020-06-05 |
发明(设计)人: | 许腾;谢淑媚;曾伟奇;周晓思;李永军;王小锐;苏杭 | 申请(专利权)人: | 广州微远基因科技有限公司 |
主分类号: | C12Q1/6869 | 分类号: | C12Q1/6869;C12N15/11 |
代理公司: | 广州新诺专利商标事务所有限公司 44100 | 代理人: | 李海恬 |
地址: | 510130 广东省广州市高新技术产业开发*** | 国省代码: | 广东;44 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 测序内标 分子 及其 制备 方法 应用 | ||
1.一种测序内标分子的制备方法,其特征在于,包括以下步骤:
S1:以1000±200bp为窗口,获得与待测样本中基因序列非同源的unique植源性序列;
S2:从上述unique植源性序列中挑选出GC含量为35%-70%的序列;
S3:从上述序列中筛选出无微卫星的序列;
S4:从上述序列中筛选出连续碱基序列数小于8的序列;
S5:在上述序列中,以测序读长±5bp为窗口进行两两比对,对筛选出的序列做同源性筛查,获得序列相似性低的序列,即为筛选序列;
S6:以所述筛选序列为内标分子的基础序列,设计合成扩增引物,以所述植源性基因组为模板,进行PCR扩增,即得测序内标分子。
2.根据权利要求1所述的测序内标分子的制备方法,其特征在于,所述S1中,所述待测样本中基因序列的类型为人源和微生物基因组;所述植源性序列来源于拟南芥。
3.根据权利要求1所述的测序内标分子的制备方法,其特征在于,所述S5中,所述序列相似性低的序列指:两条序列之间具有连续相同碱基的长度低于15bp。
4.根据权利要求1所述的测序内标分子的制备方法,其特征在于,所述S6中,进行二次PCR扩增。
5.根据权利要求1所述的测序内标分子的制备方法,其特征在于,所述测序内标分子长度为400bp-800bp。
6.根据权利要求1-5任一项所述的测序内标分子的制备方法,其特征在于,扩增获得测序内标分子后,进行体外转录为单链RNA,即得转录组内标分子。
7.根据权利要求6所述的测序内标分子的制备方法,其特征在于,进行体外转录RNA时,在上游引物的5'端添加TAATACGACTCACTATAGGG序列。
8.权利要求1-7任一项所述的测序内标分子的制备方法制备得到的筛选序列和/或测序内标分子。
9.根据权利要求8所述的测序内标分子,其特征在于,所述筛选序列选自:SEQ ID NO.1所示序列~SEQ ID NO.78所示序列。
10.权利要求8所述的测序内标分子在宏基因组病原微生物检测污染监控中的应用。
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