[发明专利]香樟叶绿体SNP分子标记的多态性引物及其应用有效
| 申请号： | 201911216302.1 | 申请日： | 2019-12-02 |
| 公开（公告）号： | CN110760610B | 公开（公告）日： | 2020-10-30 |
| 发明（设计）人： | 杨茂霞;胥猛;钟永达;郦芝汀 | 申请（专利权）人： | 南京林业大学;江西省科学院生物资源研究所 |
| 主分类号： | C12Q1/6895 | 分类号： | C12Q1/6895;C12Q1/6858;C12N15/11 |
| 代理公司： | 南京申云知识产权代理事务所(普通合伙) 32274 | 代理人： | 邱兴天 |
| 地址： | 210037 江*** | 国省代码： | 江苏;32 |
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| 摘要： | |||
| 搜索关键词： | 香樟 叶绿体 snp 分子 标记 多态性 引物 及其 应用 | ||
1.香樟叶绿体SNP分子标记的多态性引物在古樟谱系分析中的应用，其特征在于，包括以下步骤：
1）提取不同品种香樟的基因组DNA；
2）用香樟叶绿体SNP分子标记的多态性引物对步骤1）提取的基因组DNA进行PCR-HRM扩增和HRM分析；
3）数据分析叶绿体SNP位点多态性，对SNP位点进行单倍体数量和类型的统计，分析古樟群体内SNP单倍型分布，古樟群体SNP单倍型多态性指数，计算古樟群体的遗传分化系数，然后采用中央连接网络模型对单倍型数据构建单倍型网络图，进行古樟谱系分析；
所述香樟叶绿体SNP分子标记的多态性引物，包括11对多态性引物，其引物核苷酸序列如下：
CpSNP1上游引物如SEQ ID NO.1所示；
CpSNP1下游引物如SEQ ID NO.2所示；
CpSNP2上游引物如SEQ ID NO.3所示；
CpSNP2下游引物如SEQ ID NO.4所示；
CpSNP9上游引物如SEQ ID NO.5所示；
CpSNP9下游引物如SEQ ID NO.6所示；
CpSNP13上游引物如SEQ ID NO.7所示；
CpSNP13下游引物如SEQ ID NO.8所示；
CpSNP14上游引物如SEQ ID NO.9所示；
CpSNP14下游引物如SEQ ID NO.10所示；
CpSNP15上游引物如SEQ ID NO.11所示；
CpSNP15下游引物如SEQ ID NO.12所示；
CpSNP16上游引物如SEQ ID NO.13所示；
CpSNP16下游引物如SEQ ID NO.14所示；
CpSNP18上游引物如SEQ ID NO.15所示；
CpSNP18下游引物如SEQ ID NO.16所示；
CpSNP19上游引物如SEQ ID NO.17所示；
CpSNP19下游引物如SEQ ID NO.18所示；
CpSNP20上游引物如SEQ ID NO.19所示；
CpSNP20下游引物如SEQ ID NO.20所示；
CpSNP21上游引物如SEQ ID NO.21所示；
CpSNP21下游引物如SEQ ID NO.22所示。
2.根据权利要求1所述的香樟叶绿体SNP分子标记的多态性引物在古樟谱系分析中的应用，其特征在于，步骤2）中，PCR-HRM扩增体系为：上下游引物各10μM，1μL；2×Froget-Me-Not EvaGreen qPCR Master Mix 5μL，H2O 2μL，DNA模板30ng，1μL，所述体系的总体积为10μL。
3.根据权利要求1所述的香樟叶绿体SNP分子标记的多态性引物在古樟谱系分析中的应用，其特征在于，步骤2）中，PCR-HRM扩增程序为：95℃2min，95℃5s，60℃30s，30-35个循环；95℃10s，60℃1min，95℃15s，60℃15s。
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