[发明专利]香樟叶绿体SNP分子标记的多态性引物及其应用

说明书

本发明公开了樟叶绿体SNP分子标记的多态性引物及其应用，属于林业分子生物学技术领域。本发明筛选了11对香樟叶绿体SNP分子标记的多态性引物，将其应用在古樟遗传多样性分析和古樟谱系分析中，基于叶绿体单倍型分析显示，不同单倍型分布差异明显，大部分单倍型只存在于特定的群体中，只有少数单倍型为共享单倍型，表明单倍型间存在一定的地理分化。18个古樟群体的遗传分化系数Fst为0.212，基因流Nm为0.929，表明古樟群体间存在中等的基因流。本发明的SNP分子标记重复性好，能够全面揭示香樟遗传多样性真实水平，为野生香樟资源保护利用提供理论依据。

技术领域

本发明属于林业分子生物学技术领域，具体涉及香樟叶绿体SNP分子标记的多态性引物及其应用。

背景技术

香樟(Cinnamomum camphora(L.)Presl.)是樟科樟属高大乔木，具有重要的生态、文化和经济价值，是我国重要的材用和特种经济树种。近年来有关香樟分类学、生理学、化学成分与利用、良种选育和营林技术等方面的研究己有较多报道，但对其种质资源遗传多样性的研究却很不充分。香樟在我国具有较早的栽培历史，地区间引种栽培情频繁，其延续至今，针对群体遗传分析的样品起源有较大出入。此外，在研究手段上，早期使用的RAPD、ISSR等共显性DNA标记，重复性差、多态性低，难以全面揭示香樟遗传多样性真实水平。

SNP被称为第三代分子标记，是基因组中单个核苷酸的突变而引起的DNA序列的多态性，它以单个碱基的颠换、转换、插入和缺失的方式存在。相较于其他分子标记，SNP具有以下几个有点：1)密度高，分布广，SNP分布广泛，遍布整个基因组；2)遗传稳定性，相较于SSR等重复序列多态标记相比，SNP具有更高的遗传稳定性；3)二态性，尽管SNP只有两种等位基因型，在个体中信息量相较于目前常用的SSR标记要少，但其高密度性和稳定性弥补了这一差距；4)代表性，某些位于基因内部的SNP有可能直接影响蛋白质结构或表达水平，因此它们可能代表疾病遗传机理中的某些作用因素；5)易于实现分析的自动化，无需检测片段长度多态，容易实现自动化。由于以上特点，SNP经常被用作于遗传多样性研究、遗传连锁图谱的构建、种质资源鉴定和关联分析等研究。

发明内容

针对现有技术的不足，本发明的目的是提供香樟叶绿体SNP分子标记的多态性引物，用以解决现有技术存在的使用的RAPD、ISSR等共显性DNA标记，重复性差、多态性低的问题；本发明的另一目的是提供香樟叶绿体SNP分子标记的多态性引物在古樟遗传多样性分析和古樟谱系分析中的应用，用以解决现有技术难以全面揭示香樟遗传多样性真实水平的问题。

为了实现上述发明目的，本发明采用的技术方案为：

香樟叶绿体SNP分子标记的多态性引物，包括11对多态性引物，其引物核苷酸序列如下：

CpSNP1上游引物如SEQ ID NO.1所示；

CpSNP1下游引物如SEQ ID NO.2所示；

CpSNP2上游引物如SEQ ID NO.3所示；

CpSNP2下游引物如SEQ ID NO.4所示；

CpSNP9上游引物如SEQ ID NO.5所示；

CpSNP9下游引物如SEQ ID NO.6所示；

CpSNP13上游引物如SEQ ID NO.7所示；

CpSNP13下游引物如SEQ ID NO.8所示；

CpSNP14上游引物如SEQ ID NO.9所示；

CpSNP14下游引物如SEQ ID NO.10所示；

CpSNP15上游引物如SEQ ID NO.11所示；