[发明专利]用于检测水稻抗条纹叶枯病STV11基因的SNP分子标记及应用

权利要求书

1.一种用于检测水稻抗条纹叶枯病基因STV11的SNP分子标记，其特征在于，检测水稻第11号染色体的17985707位碱基，SNP分子标记多态性为A/T，其序列如SEQ ID No.1。

2.一种用于检测权利要求1所述SNP功能分子标记的引物组，其特征在于包括：

特异性引物序列为：

Specific-allele X：CCGGGTGGTGTTCGTCCGA SEQ ID No.2

Specific-allele Y：CCGGGTGGTGTTCGTCCGT SEQ ID No.3

通用引物序列为：

Primer Common：AGCAACATGGTGAAGGGTGTCACAA SEQ ID No.4。

3.一种用于检测权利要求1所述SNP功能分子标记的试剂盒，其特征在于包含权利要求2所述引物组。

4.权利要求3所述的试剂盒在用于检测水稻抗条纹叶枯病STV11基因方面的应用；其包括以下步骤：

（1）提取待测水稻基因组DNA；

（2）以水稻基因组DNA为模板，利用权利要求2所述的特异性引物组合进行KASP反应检测；

（3）若只检测到引物Specific-allele X所连荧光序列对应的荧光信号，则判定检测水稻样品不含STV11基因；若只检测到引物Specific-allele Y所连荧光序列对应的荧光信号，则判定检测水稻样品含有纯合的STV11基因；若同时检测到两种荧光信号，则判断待测水稻样品含有杂合的STV11基因。

5.权利要求4所述的应用，其特征在于，步骤（2）中KASP检测的PCR反应条件为：94°C15min；94°C 20sec，61-55°C 1min，每个循环退火温度降低0.6°C，共10个循环；94°C20sec，55°C 1min，共26个循环。

6.权利要求1所述的用于检测水稻抗条纹叶枯病基因STV11的SNP分子标记在辅助鉴定水稻是否含有抗条纹叶枯病STV11基因中的应用。

7.权利要求2所述的特异性引物组合在用于水稻种质资源改良、培育具有抗条纹叶枯病水稻品种中的应用。

8.权利要求3所述的试剂盒在用于水稻种质资源改良、培育具有抗条纹叶枯病水稻品种中的应用。