[发明专利]用于检测水稻抗条纹叶枯病STV11基因的SNP分子标记及应用

说明书

本发明提供用于检测水稻抗条纹叶枯病STV11基因的SNP分子标记及应用。本发明公开了与水稻抗条纹叶枯病基因STV11共分离及扩增效果良好的SNP标记K_180405，该标记检测水稻第11号染色体位碱基，多态性为A/T。基于KASP技术开发的标记K_180405引物序列如SEQ ID No.1‑4所示。本发明的SNP分子标记检测STV11基因位点为高特异性的位点，可便捷高效的用于鉴定水稻样品是否含有STV11基因，并能够准确区别STV11的纯合和杂合基因型。本发明提供的SNP分子标记的应用方法准确可靠，操作简便，适用于水稻抗条纹叶枯病STV11基因的鉴定及辅助选择育种。

技术领域

本发明涉及分子生物学技术领域，具体涉及水稻抗条纹叶枯病STV11基因的SNP分子标记以及检测该分子标记的方法。

背景技术

水稻是我国重要的口粮作物。水稻条纹叶枯病是一种由灰飞虱传播的病毒性病害，主要对粳稻为害严重。20世纪90年代以来，该病在长江中下游多年流行并对该地区的粳稻生产造成巨大损失。培育抗病品种作为最经济有效的途径可以从根本上控制水稻条纹叶枯病的为害。江苏省针对来源于籼稻品种Modan的主效抗条纹叶枯病QTL(stv-b)开展MAS工作，育成一批抗性材料，应用效果较好。但由于stv-b并未克隆，其功能性及鉴定均存在一定局限性。直到2014年，来源于籼稻品种Kasalath的抗条纹叶枯病基因STV11被成功克隆。它编码一个水稻磺基转运酶OsSOT1，该酶可以催化水杨酸(SA)转化为磺基水杨酸(SSA)，抑制水稻条纹病毒(RSV)复制；籼稻该位点多为STV11-R，粳稻为STV11-S，为抗条纹叶枯病育种提供了重要的理论依据。同期随着携带抗条纹叶枯病基因水稻新品种的选育及推广，该病得到了有效控制。

传统的水稻抗病育种是通过田间抗性鉴定对水稻植株进行表型选择，耗费时间长，且易受环境条件的限制，鉴定结果容易造成误差，选择效率较低。伴随着分子生物学和生物信息学的发展，分子标记辅助选择育种（Molecular Assisted Selection, MAS）显现了巨大的技术优势，实现了遗传基础与目标性状的结合，选择含有目标基因的材料（单株）进行组配，实现了目标性状的精准改良，能有效回避传统育种方法的技术壁垒。单个核苷酸变异（Single Nucleotide Polymorphism, SNP）在物种的基因组上广泛存在，包括：单个碱基的转换或颠换，单个碱基（片段）插入或缺失等形式，针对这些多态性位点，逐步兴起了新一代的SNP分子标记技术。现阶段，适用于SNP检测的手段主要有凝胶电泳和荧光定量PCR，但检测过程需要酶切、电泳及测序等，操作复杂，而且PCR产物的气溶胶和EB或聚丙烯胺易对环境造成污染，对人体产生危害。竞争性等位基因PCR（Kompetitive Allele SpecificPCR, KASP）已陆续应用于分子标记辅助育种、目标性状基因定位、种子纯度及真实性鉴定等工作，具有成本低、通量高、实验操作安全和荧光信号采集数据准确等优势，对促进STV11基因在商业化育种中的应用具有重要意义。

发明内容

本发明的目的在于提供一种水稻抗条纹叶枯病STV11基因的SNP分子标记与应用，解决现有水稻抗条纹叶枯病的表型鉴定育种周期长、育种成本高和育种效率低等问题。本发明还提供了用于检测水稻抗条纹叶枯病STV11基因的SNP分子标记引物组和KASP方法，解决了实验操作不安全、操作复杂和人工鉴定结果不准确等问题。

为实现上述目的，本发明公开了如下的技术内容：