[发明专利]一种树木根腐病的评价方法

权利要求书

1.一种树木根腐病的评价方法，其特征在于，包括如下步骤：

(1)采集根际土壤样品；

(2)对步骤(1)所得的土壤样品进行DNA抽提和PCR扩增；

(3)Illumina Miseq测序；

(4)数据处理，得到真菌群分析结果；

(5)建立树木健康等级评价表，结合真菌群分析结果，得出评价结果，判断标准如下，正常：有害菌群＜20％；一般：20％≤有害菌群≤40％；衰弱：40％＜有害菌群＜50％且有益菌群＜15％；高危：有害菌群≥50％且腐朽菌≥70％；

所述有害菌群包括马杜拉分支菌属、柄孢壳属、Ilyonectria、小贝氏孢属、丝衣霉属、透孢黑团壳属及腐朽菌；所述有益菌群包括毛孢子菌属、隐球菌属、毛壳菌属、绿僵菌属、塔拉霉属、拟盾壳霉属；所述腐朽菌包括伞菌属、鬼伞属、小包脚菇属、灰球菌属、镰刀霉属、瓶霉属；所述树木为细叶榕。

2.根据权利要求1所述的评价方法，其特征在于，所述步骤(4)包括如下步骤：

(4.1)利用质控软件对步骤(3)所得的原始测序序列进行筛选，如果窗口内的平均质量值低于20，从窗口开始截去后端碱基，去除质控后长度低于50bp的序列；

(4.2)精确匹配条形码，去除模糊碱基；

(4.3)根据重叠碱基，将两端序列进行拼接，重叠碱基＞10bp，去除无法拼接的序列；

(4.4)根据指定的相似度，对序列进行OTU聚类，产生可操作性分类单元(operationaltaxonomic units,OTUs)，剔除嵌合体，对每条序列进行物种分类注释，比对真菌数据库，得到真菌群分析结果。

3.根据权利要求2所述的评价方法，其特征在于：所述步骤(4.1)中，所述质控软件为Trimmomatic软件；

和/或，所述步骤(4.3)中，拼接时，采用的软件为FLASH软件；

和/或，所述步骤(4.4)中，OTU聚类时使用的软件为UPARSE软件，所述指定的相似度为97％，使用UCHIME软件剔除嵌合体，利用RDP classifier对每条序列进行物种分类注释，设置比对阈值，比对Unite ITS数据库，所述比对阈值为70％；

和/或，所述步骤(1)中，取疑似褐根病病变根的表面0.5～1cm土壤；

和/或，所述步骤(2)中，PCR扩增时，采用的引物含有如下序列：

ITS3F：5'-GCATCGATGAAGAACGCAGC-3'(SEQ ID NO：1)；

ITS4R：5'-TCCTCCGCTTATTGATATGC-3'(SEQ ID NO：2)；

和/或，所述步骤(2)中，PCR扩增程序为：95℃预变性3min，95℃变性30s，55℃退火30s，72℃延伸30s，27个循环，最后72℃延伸10min；

和/或，所述步骤(2)中，PCR扩增体系为20μL，其组成如下：4μL 5*FastPfu缓冲液，2μL2.5mM dNTPs，0.8μL 5μM引物，0.4μL Fast Pfu聚合酶；10ng DNA模板。