[发明专利]一种结直肠癌预后显著相关ceRNA调控网络的构建方法有效

专利信息
申请号: 201911290283.7 申请日: 2019-12-16
公开(公告)号: CN111128299B 公开(公告)日: 2022-08-30
发明(设计)人: 郭丽;杨国伟;康一浩;李孙静 申请(专利权)人: 南京邮电大学
主分类号: G16B20/50 分类号: G16B20/50;G16B30/00
代理公司: 南京纵横知识产权代理有限公司 32224 代理人: 刘艳艳
地址: 210046 *** 国省代码: 江苏;32
权利要求书: 查看更多 说明书: 查看更多
摘要:
搜索关键词: 一种 直肠癌 预后 显著 相关 cerna 调控 网络 构建 方法
【权利要求书】:

1.一种结直肠癌预后显著相关ceRNA调控网络的构建方法,其特征在于,包括:

步骤1)从NCBI GEO数据库中筛选出3个符合条件的结直肠癌基因表达数据集,下载TCGA数据库中结直肠癌的基因表达数据、miRNA表达数据和结直肠癌的临床信息;

步骤2)分别对GEO的3个结直肠癌基因表达数据集、TCGA数据库中结直肠癌的基因表达数据进行差异基因表达分析,得到4组差异表达基因;取4组差异表达基因的交集,得到共有的差异表达基因;

步骤3)根据步骤2)得到的共有的差异表达基因,构建蛋白质-蛋白质相互作用网络,即PPI网络;根据PPI网络中的重要模块和基因的连接度并结合单基因生存分析,筛选出关键基因hub gene;包括:

基于共有的差异表达基因,通过STRING数据库,分别构建共有的上调基因的蛋白质-蛋白质相互作用网络和下调基因的蛋白质-蛋白质相互作用网络,即PPI网络;

将通过STRING数据库得到的上调基因和下调基因PPI网络分别导入Cytoscape软件,使用Cytoscape软件中的MCODE插件对上调基因的PPI网络进行重要模块的识别,得到上调基因的PPI网络中两个重要模块;使用Cytoscape软件中的CytoHubba插件根据连接度对下调基因的PPI网络进行分析,得到下调基因PPI网络中排名靠前的100个基因;把上调基因的PPI网络中两个重要模块的基因和下调基因PPI网络中排名靠前的100个基因,作为预生存分析的基因;

使用TCGA数据库中结直肠癌的基因表达数据,利用R软件中survival和survminer包,使用Kaplan-Meier法,对上述得到的预生存分析的基因进行生存分析,以时序检验Logrankp 0.05作为筛选标准,得到关键基因;

步骤4)根据步骤3)得到的关键基因,进行预测得到关键基因的上游miRNA,并基于上游miRNA表达数据和结直肠癌的临床信息进行生存分析,筛选出与结直肠癌预后显著相关的miRNA;

步骤5)根据步骤4)得到的miRNA,进行预测得到与结直肠癌预后显著相关的miRNA的上游lncRNA,并基于上游lncRNA表达数据和结直肠癌的临床信息进行生存分析,筛选出与结直肠癌预后显著相关的lncRNA;

步骤6)基于得到的关键基因、与结直肠癌预后显著相关的miRNA、lncRNA,根据其相互作用关系构建ceRNA网络;

步骤7)基于步骤6)得到的ceRNA网络,并根据与结直肠癌预后显著相关的lncRNA、miRNA和关键基因在结直肠癌中的表达趋势进行评估,得到最终的结直肠癌预后显著相关的ceRNA调控网络。

2.根据权利要求1所述的结直肠癌预后显著相关ceRNA调控网络的构建方法,其特征在于,步骤1)中,所述的结直肠癌基因表达数据集,是从GEO数据库中搜索的数据集,经过条件筛选得到,筛选条件为:同时包含结直肠癌的癌组患者和对照组患者;每个数据集为一个数据矩阵,行名为基因名称,列名为样本名称。

3.根据权利要求1所述的结直肠癌预后显著相关ceRNA调控网络的构建方法,其特征在于,步骤2)中,分别对GEO的3个结直肠癌基因表达数据集、TCGA-COAD的基因表达数据进行差异基因表达分析,得到4组差异表达基因,包括:

对于GEO的3个结直肠癌基因表达数据集,利用GEO在线差异表达分析工具GEO2R分别进行差异基因表达分析,得到3组差异表达基因;

对于TCGA-COAD的基因表达数据,利用R软件limma包进行差异基因表达分析得到1组差异表达基因;

上述差异基因表达分析的阈值条件均设置为:| log2FC |1,且FDR 0.05;FC为差异倍数,FDR伪发现率;满足阈值条件的基因为差异表达基因。

下载完整专利技术内容需要扣除积分,VIP会员可以免费下载。

该专利技术资料仅供研究查看技术是否侵权等信息,商用须获得专利权人授权。该专利全部权利属于南京邮电大学,未经南京邮电大学许可,擅自商用是侵权行为。如果您想购买此专利、获得商业授权和技术合作,请联系【客服

本文链接:http://www.vipzhuanli.com/pat/books/201911290283.7/1.html,转载请声明来源钻瓜专利网。

同类专利
专利分类
×

专利文献下载

说明:

1、专利原文基于中国国家知识产权局专利说明书;

2、支持发明专利 、实用新型专利、外观设计专利(升级中);

3、专利数据每周两次同步更新,支持Adobe PDF格式;

4、内容包括专利技术的结构示意图流程工艺图技术构造图

5、已全新升级为极速版,下载速度显著提升!欢迎使用!

请您登陆后,进行下载,点击【登陆】 【注册】

关于我们 寻求报道 投稿须知 广告合作 版权声明 网站地图 友情链接 企业标识 联系我们

钻瓜专利网在线咨询

周一至周五 9:00-18:00

咨询在线客服咨询在线客服
tel code back_top